一、早年讨叛
吴兴祚在处理朱统锠叛乱事件中展现出了他出色的军事才能与政治智慧。康熙十三年（1674年），吴兴祚由无锡知县迁任行人司行人，但他仍然保留着知县的职务。不久之后，由于漕运总督帅颜的推荐，吴兴祚被破格提拔为福建按察使，开始了他新的仕途篇章。
康熙十五年（1676年），此时的福建并不平静。耿精忠曾一度背叛清朝，自立为王，并且私下授予朱统锠以敉远将军的称号。在耿精忠再度归顺清廷之后，朱统锠并未随之屈服，反而自封为“宜春王”，占据了贵溪一带，成为了一股不容忽视的地方势力。
面对这样的局面，吴兴祚并没有采取直接军事打击的方式，而是选择了更加灵活和高效的策略。他首先派遣了轻骑兵前往光泽地区，这里靠近朱统锠控制的地盘，意图通过外交手段来分化对方的力量。吴兴祚利用了朱统锠部下的不满情绪，成功说服了朱统锠的重要将领陈龙归顺清朝。陈龙在吴兴祚的策动下，愿意作为向导，并且帮助清军了解朱统锠的防御布局。
与此同时，吴兴祚还安排了另一名降将阳自归作为内应，这样就形成了内外夹击之势。陈龙带领清军主力悄悄接近朱统锠的驻地，而阳自归则在内部制造混乱，使得朱统锠的部队陷入了措手不及的状态。最终，在内外压力之下，朱统锠的大将冯珩意识到抵抗已无意义，决定束手就擒，亲自将朱统锠捆绑起来献给了清军。伴随着冯珩的投降，他所率领的三千兵马也随之归附了清朝。
二、防卫台海
康熙十七年（1678年），吴兴祚被升任为福建巡抚，此时的东南沿海并不安宁，郑经割据台湾，不断派出部队侵扰大陆，对清廷构成威胁。郑经派遣勇将刘国轩等进攻漳州、泉州等地，甚至包围了泉州城。面对这一严峻形势，吴兴祚果断采取行动，率领一支精锐部队从兴化出发，前往救援被围困的泉州。
在前往救援的路上，吴兴祚的部队到达了仙游，发现郑经的将领黄球带着两千人，并且联合了当地的一万多土匪，集结在白鸽岭。面对强大的敌人，吴兴祚展现出了一位优秀指挥官应有的冷静和决断。他将部队分成三路，自己亲自率领中路军迎战敌军，战斗从上午一直持续到傍晚，双方僵持不下。为了打破这一局面，吴兴祚巧妙地运用战术，派遣一支部队从小路秘密前进，夺取了白鸽岭的关键位置。这场突袭取得了显着成效，清军斩首六百余人，迫使大量敌军士兵落崖或溺水身亡。在追击残敌的过程中，清军收复了永春和德化两个县。
紧接着，吴兴祚指挥总兵林贤等人率领水师出击，对刘国轩的舰队发动了攻击。清军水师分三路夹击刘国轩的船只，成功烧毁了敌方六十多艘舰船，并俘虏和斩杀了六千多名敌军。吴兴祚随即向朝廷报告了这一胜利，并提出进一步加强海军力量的建议，以期彻底解决郑经的威胁。康熙帝对此表示支持，并下达了相应的命令。
次年，即康熙十八年（1679年），刘国轩再次卷土重来，企图切断江东桥以侵犯长泰。这一次，吴兴祚与都统吉勒塔布、总督姚启圣联手，成功将刘国轩击退。吴兴祚还派遣使者王国泰等人劝降了郑经的多位将领，包括蔡冲琱、林忠等，共招降了三千八百五十名士兵，并接收了六十七艘战船。由于此次的军功，吴兴祚被晋升为正一品官员。
到了康熙十九年（1680年），吴兴祚继续积极备战，他上书请求增派水师，并建造更多的战船。同年二月，水师提督万正色率领大军抵达海坛岛，吴兴祚则与宁海将军拉哈达、总兵王英等一同前往同安，攻取了汭洲和浔尾等要塞。随后，吴兴祚与拉哈达、王英分三路渡海作战，最终击败了郑军，攻占了厦门。
与此同时，万正色也成功攻克了海坛，并招降了郑经的重要将领朱天贵。接着，清军又攻取了金门岛，迫使郑经的余部撤退到台湾。康熙帝得知捷报后，下诏嘉奖，并派遣侍郎温岱前往福建讨论后续事宜。然而，温岱回京后却报告说吴兴祚存在冒功嫌疑，认为万正色才是攻克海坛的主要功臣，而吴兴祚与台湾的朱天贵之间可能存在某些事先约定。尽管如此，康熙帝还是决定对吴兴祚给予适当的奖励，授予他喇布勒哈番世职兼拖沙喇哈番。
三、总督两广
康熙二十年（1681年），吴兴祚被擢升为两广总督。在他履新之初，便积极关注民生疾苦，尤其是广东地区长期遭受前任总督尚之信苛政之苦的情况。吴兴祚上书康熙帝，详述尚之信在广东征收重税，使百姓生活困苦的事实。他列举了诸如盐埠税、渡口税、店铺税及渔业税等苛捐杂税，请求朝廷予以免除，以减轻广东民众的负担。
同时，吴兴祚也注意到了沿海居民因清廷颁布的迁界禁海令而面临的困境。这项政策导致了大量渔民和沿海居民失去了谋生手段，社会动荡不安。吴兴祚敏锐地意识到，如果不对这一政策做出调整，将会严重影响到地方的社会稳定。因此，他向朝廷建议开放海禁，允许沿海居民恢复捕鱼、采珠等传统生计方式。康熙帝对此提议十分重视，派遣尚书杜臻和内阁学士石柱前往广东与吴兴祚共同巡视并制定具体实施方案。这些措施的实施，有效地缓解了广东沿海地区的经济压力和社会矛盾，受到了广大民众的欢迎和支持。
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