乾隆四十年（1775年），广东地区出现多起民众结党起事的情况，兵部对此展开调查，并追究武官的失职责任。李侍尧认为，如果过度追究武官的责任，可能会导致他们畏首畏尾，反而不利于维护社会稳定。他上奏乾隆帝，建议慎重处理武官的责任问题，以免造成更大的隐患。乾隆帝认同了李侍尧的观点，并下诏嘉奖他的忠心和办事能力。
乾隆四十二年（1777年），李侍尧被任命为云贵总督，负责处理与缅甸相关的事务。他在处理“缅甸遣越州民入关为谍案”时表现出色，得到了乾隆帝的高度赞赏。这一时期，李侍尧的仕途达到了一个新的高峰。
乾隆四十三年（1778年），缅甸再次派遣腾越州的民众潜入清朝境内从事间谍活动，李侍尧迅速采取行动，将间谍抓获并送往京城。随后，他建议在永昌和普洱等地增派兵力，加强边境防御。虽然乾隆帝最初对此表示怀疑，但在李侍尧坚持下，最终同意了在杉木陇设立大汛，并调派腾越的士兵五百人前往驻守。同时，在千崖设立小汛，调派南甸的士兵二百人驻守，并分兵把守虎踞、铜壁等重要关卡。这些措施大大增强了西南边境的安全。
然而，好景不长，乾隆四十五年（1780年），云南粮储道海宁向朝廷举报李侍尧贪纵营私。乾隆帝命尚书和珅、侍郎喀宁阿调查此事。在调查过程中，李侍尧承认了自己确实存在贿赂下属的行为。乾隆帝对此极为愤怒，下令将李侍尧逮捕回京，并夺去了他的官职。和珅等人上奏建议判处李侍尧斩监候，并剥夺其爵位，改授给其弟李奉尧。随后，大学士九卿商议后，建议改为斩立决。乾隆帝出于宽恕之心，再次下旨要求各部门商议。最终，李侍尧被改为斩监侯。
四、平定回民起义
乾隆四十六年（1781年），甘肃撒拉尔回人苏四十三领导了一次大规模的起义。面对这一严峻形势，乾隆帝派遣大学士阿桂前往甘肃视察，并特旨授予李侍尧三品顶戴和孔雀翎，命其前往甘肃管理军事。当时，甘肃冒赈案暴露，总督勒尔谨因此被治罪，乾隆帝任命李侍尧代理总督职务，负责平息此次起义。
李侍尧到任后，迅速投入到了平定起义的工作中。他不仅在军事上采取了有效的措施，还在行政管理上展现出卓越的才能。乾隆四十七年（1782年），李侍尧上奏朝廷，请求允许从现任总督以下各级官员的养廉银中扣除部分款项，用于弥补皋兰等州、县所欠的钱粮。乾隆帝考虑到实际情况，最终决定豁免这笔债务。此外，李侍尧还请求豁免当地民众拖欠的三十万两税银，以减轻百姓负担，稳定民心。这一系列举措得到了乾隆帝的认可和支持，他也因此被加封为太子太保衔，并获得现任品级顶戴。
然而，就在李侍尧似乎已经控制住了局面之际，新的危机又出现了。乾隆帝多次命令李侍尧秘密查看新教的回民，以防止再次发生类似苏四十三起义的事件。不久之后，田五等人再次发起起义，李侍尧与固原提督刚塔联手逮捕了田五。然而，田五的党羽并未就此罢休，他们很快又组织力量攻打靖远。当时，李侍尧驻扎在靖远，命令刚塔率军前去镇压，但叛乱持续了很长时间仍未平息。
鉴于此，乾隆帝派遣大学士阿桂和尚书福康安前往甘肃，亲自指挥平叛。然而，在这一过程中，渭城失陷，西安副都统明善战死，叛军占领了石峰堡。乾隆帝对此十分不满，认为李侍尧在处理此次事件中表现出了渎职和怯懦的行为，于是将其官职剥夺，但仍令其在军中效力督饷。
不久之后，李侍尧又督兵前往伏羌。然而，福康安到达军中后，揭发了李侍尧在处理军事事务中的玩忽职守行为。李侍尧因此被逮捕并送往热河行宫接受审查。诸王大臣按律治罪，拟判其斩立决，但乾隆帝最终改判为斩监候。乾隆五十年（1785年），乾隆帝下旨将李侍尧释放，并安排他暂时担任正黄旗汉军都统和户部尚书的职务。
五、晚年
乾隆五十二年（1787年），湖北江陵的民众向朝廷上诉，指控知县孔毓檀在赈灾过程中贪赃枉法。清廷命令李侍尧前往调查处理。经过仔细查验后，李侍尧上奏朝廷称，孔毓檀并未贪赃，只是在救灾过程中行动迟缓。基于此，清廷决定不再追究孔毓檀的贪赃之责，而李侍尧则因此事被任命为湖广总督。
不久之后，李侍尧正式被授予湖广总督的职位。这标志着他在地方治理上的又一次重要任命，显示了朝廷对他的信任与倚重。
同年，台湾爆发了林爽文起义，清廷迅速调派李侍尧为闽浙总督，驻守蚶江。面对台湾局势的紧张，李侍尧意识到需要加强军事力量以应对叛乱。他评估了当时的兵力，认为前闽浙总督常青率领的军队数量不足，于是调集了广东和浙江的兵马支援台湾前线。同时，为了防止叛军抢夺粮草和武器，李侍尧调派船只分别驻守在鹿耳门和鹿仔港进行防御。这一系列部署得到了乾隆帝的高度评价，称赞他调度有方。
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