接下来的一年即乾隆四十三年（1778），萨载再次上奏：“经过一段时间的自然冲刷，高家马头的新淤积区域已经变得较为宽敞且加深；至于彭家马头处先前用柴枕和土堆筑成的临时堤坝，现在可以在滩地上开挖沟渠，等待下次洪水来临时进一步疏通。”不久之后，萨载还短暂担任了两江总督一职。
到了乾隆四十四年（1779），萨载针对拦黄坝外旧河道露出的新淤滩提出了建设性意见，建议在此基础上构筑束水堤以保护新开辟的河道。同时，他也正式接任两江总督之职。此前，高晋曾上报说中河口门因淤塞严重需考虑迁移至下游李家庄，但乾隆帝要求萨载对此进行实地考察后再做决定。最终，萨载提议将清口东、西两侧原有的大坝迁移到惠济祠前方的位置，这一方案获得了皇帝的认可。
乾隆四十五年（1780）至乾隆四十八年（1783）间，清朝在治理黄河与运河方面经历了一系列重要举措与挑战。面对黄河河道狭窄、水势易泛滥的问题，大学士阿桂上奏建议拓宽河道，增设闸坝，修复旧堤，并增筑新堤，这些建议得到了乾隆帝的采纳。随后，黄河在郭家渡决口，乾隆帝迅速调派萨载与河道总督陈辉祖前往督护，通过开闸放水、展宽河道等措施，有效缓解了汛情，并对受灾地区进行了及时抚恤。
这一时期，乾隆帝高度重视水利建设，不仅亲临高堰视察洪泽湖工程，还指示加固石工，提升防洪能力。萨载在治理过程中，展现出卓越的应变能力和务实精神，他根据实际情况灵活调整策略，如提出分期修筑工程、谨慎选择开闸放水时机等，有效减少了灾害损失。
此外，乾隆帝还关注运河的畅通与安全，对山东巡抚国泰提出的运河积淤问题，萨载通过勘查提出科学解决方案，避免了无谓的水患。同时，他还积极疏通泗州、铜山等地的河道，增强了水系的整体排水能力。
乾隆四十八年，随着河南青龙冈工程的完工，黄河顺利归故道，流势平稳，标志着这一时期水利治理工作的显着成效。乾隆帝对萨载等人的工作给予高度评价，并亲自部署后续的城市迁建与配套设施完善工作，进一步巩固了治理成果。
三、入祀贤良祠
乾隆四十九年，江西巡抚郝硕因贪污被查入狱，乾隆帝问责两江总督萨载未及时上奏弹劾，遂将其交吏部议处，虽罢免官职但留任，并罚扣三年养廉银以示惩戒。次年，漕船北行因中河浅阻延误至天津，乾隆帝再次责备萨载在治理中河时未建闸蓄水，导致水势难控，加之清口东西坝蓄水管理不善，运道受阻。因此，萨载被降三品顶戴以示严惩。然而，乾隆五十一年，萨载因足疾请辞，乾隆帝念其过往功绩，特遣太医诊治并官复原职，但不久萨载病逝，乾隆帝追赠太子太保，赐祭葬，谥号诚恪，并祀于贤良祠，以示对其一生贡献的肯定与哀悼。
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