到了咸丰七年（1857年），武汉被清军收复后，骆秉章关注到了湖南内部的问题，尤其是由于战争导致的漕运停滞和民生凋敝。他采取措施减轻百姓负担，减免了部分税收，以恢复当地经济。然而，这一年也是湘军在外作战的关键时期，骆秉章不得不继续调遣军队支援各地战斗，如在江西的恶战中，虽然王珍不幸战死，但他迅速安排了后续指挥，保持了军队的战斗力。
咸丰八年（1858年），骆秉章在朝廷的评价中获得了高度肯定，并因其功勋被授予头品顶戴。随着石达开的败退，江西地区逐渐稳定下来。骆秉章提出应乘胜追击的战略建议，并请求启用曾国藩领导救援浙江的行动，这表明了他不仅关注湖南的防御，还考虑到了整个南方的局势。
到了咸丰十年（1860年），骆秉章依然坚守在湖南，与太平军作战的同时，还向湖北、贵州、江西等省份派出援助。
四、督军入川
咸丰十年（1860年），太平天国运动仍在持续，而四川地区也出现了新的动乱。云南太平军李永和与蓝朝鼎兄弟率军进入四川，迅速控制了自贡盐场，并且部队人数迅速膨胀至十几万人。他们对川西和成都构成了严重威胁，使得清廷不得不紧急调派骆秉章入川督办军务。
骆秉章于咸丰十年（1860年）农历六月接受调令，此时他已经67岁高龄。面对着成都仅七十里之外的李、蓝太平军，骆秉章深知任务艰巨。四川本地的军队由于内部纷争和指挥不力，未能有效阻止太平军的推进。骆秉章带着湘军萧启江部一万二千余人进入四川，面对的是一支已经拥有庞大规模和强烈斗志的敌军。
骆秉章首先分析了敌情，发现李、蓝太平军采用“分兵略地”的战术，试图在四川各地建立根据地。基于此，骆秉章制定了集中兵力分别击破的策略，并运用反间计策来削弱敌人内部的团结。在战斗过程中，蓝朝鼎部下的重要文书黄鼎叛变，这给了骆秉章一个宝贵的机会，他借此掌握了太平军的所有军事部署信息。
咸丰十年（1860年）农历九月五日，骆秉章指挥的清军对太平军发起了猛烈的围攻。在激烈的战斗中，太平军被迫退守丹棱，清军步步紧逼，尽管有一部分太平军成功突围，但蓝朝鼎在战斗中英勇牺牲。骆秉章随后调整战术，将主力集中在铁山根据地周围，利用川军和湘军的力量封锁四周，并利用地理优势引环龙河水淹没太平军据点，进一步削弱了敌人的抵抗能力。
到了同治元年（1862年）农历闰八月二十五日，骆秉章对太平军发起了最后的总攻。在激烈的战斗中，李永和在突围时战死，至此，李、蓝太平军的主力被彻底消灭。这场历时一年多的艰苦战斗，终于以清军的胜利告终。
骆秉章在这次战役中的表现得到了清廷的高度认可。由于其显着的军功，骆秉章在当年的京察中被赏加太子少保衔。
五、灭石达开
同治二年（1863年），太平天国的重要将领石达开决定从云贵边界向四川发起进攻。石达开意图通过夺取四川来稳固其在西南的地位，并寻求进一步的发展空间。然而，他并没有预料到的是，清军已经在四川做好了严密的布防，准备迎接他的到来。
农历三月二十七日（公历5月14日），石达开率领三四万太平军抵达紫打地，准备横渡大渡河，进而直取成都。然而，由骆秉章策划的防御体系已经准备就绪，清军、湘军以及土司的“夷兵”组成了一个坚固的防线，严阵以待。
农历四月初四（公历5月21日），石达开的部队开始尝试渡过大渡河。当太平军的筏子处于河流中心，即一半的兵力已经渡过河流时，骆秉章指挥的清军突然发动了攻击，使用枪炮对太平军进行了连环袭击。由于突然袭击，加上河流湍急，石达开的部队遭受了重大损失。
到了农历四月十二日（公历5月29日），清军成功夺取了马鞍山，切断了太平军的粮食供应线，使得石达开的部队陷入了绝境。面对这样的局面，石达开决定尝试与骆秉章谈判，以个人的生死换取部下的生存机会。骆秉章同意了石达开的要求，并派遣杨应刚前往石达开的大营进行游说，试图说服石达开放弃抵抗，解甲归田。
石达开见大势已去，无奈之下与骆秉章签订了协议。然而，在石达开投降后，骆秉章并未遵守承诺，反而将石达开逮捕。石达开的部下在缴械投诚后，大部分被遣散，但仍有约两千人在大树堡寺庙被安置。令人遗憾的是，骆秉章在一个夜晚将这部分人全部剿灭。
六、炙手可热
同治二年（1863年），随着石达开的被捕和最终在成都被凌迟处死，骆秉章在西南地区的影响力达到了顶峰。石达开的失败和处决，不仅象征着太平天国运动在西南方向上的终结，也标志着骆秉章个人威望和地位的空前提升。为此，清廷再次嘉奖骆秉章，授予他太子太保的荣誉职务。
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