四、平定天国
同治元年（1862年）十一月，随着常熟太平军守将骆国忠的投降，李鸿章抓住机会率领淮军发起了收复苏州、常州的战役。在与前来平叛的太平军反复激战后，淮军最终攻克了常熟、太仓、昆山等地。初步扫清苏州外围后，李鸿章制定了三路进军的计划：中路由程学启统率，从昆山直驱苏州；北路由李鹤章、郭松林、刘铭传从常熟进攻江阴、无锡；南路则进攻吴江和平望，切断浙江太平军增援苏州的道路。
同治二年（1863年）正月，李鸿章兼任五口通商大臣，并在上海设立外国语言文学学馆，开启了他创办洋务的序幕。同年七月，程学启部逼近苏州城下，太平天国忠王李秀成率军从天京前来救援，与北路淮军在无锡大桥角展开激战，太平军失利。此时，苏州太平军守将郜永宽等人开始动摇，并与程学启部秘密接触，商讨献城事宜。
同年十一月初五，郜永宽等人杀害了守城主将谭绍光，打开城门投降。淮军入城后，太平军八降王率部屯居半城，不愿剃发解除武装，反而要求获得官衔及编制。李鸿章采纳了程学启的建议，诱杀了降将郜永宽等八人，并遣散了其余部队。程学启入城后还搜杀了两千余名顽固分子。尽管此举引起了戈登的不满，但李鸿章认为这是消除内部隐患的必要之举，他在给母亲的信中写道：“尽杀云官等八伪王及其党数百人，此事虽太不仁，然攸关大局，不得不为。”曾国藩得知后，在日记中称赞李鸿章“殊为眼明手辣”。
苏州城破后，李鸿章被赏加太子少保衔，并获准穿黄马褂。与此同时，北路的李鹤章、郭松林、刘铭传攻克了无锡和金匮，程学启与道员吴毓芬等攻克了浙江嘉兴。淮军一路推进至常州城下，李鸿章亲自督军攻打常州，于同治三年（1864年）四月破城，捕杀了太平天国护王陈坤书和佐王黄和锦。至此，苏南地区的太平军基本被肃清，清廷赏赐李鸿章骑都尉世职。攻克常州后，常胜军解散，留下的洋枪队和炮队并入淮军。
当时，湘军久攻天京不下，清廷多次诏催李鸿章率淮军前往会攻。考虑到与曾氏兄弟的关系，李鸿章担心染指金陵会被认为抢功，进而得罪曾氏兄弟。因此，他在苏、常两地按兵不动，转而南下攻入浙江，这一举动惹恼了闽浙总督左宗棠，后者上奏朝廷，指责李鸿章“越境掠功”。五月十三日，李鸿章得知湘军即将攻破天京城，又因朝廷不断催促，遂派刘士奇炮队及刘铭传、潘鼎新、周盛波等二十七营会攻天京。十五日，曾国荃接到李鸿章的出兵咨札，激发众将出击。次日，湘军攻克天京。事后，曾国藩对李鸿章表示感激：“愚兄弟薄面，赖子保全。”
太平天国失败后，在处理湘淮军的去留问题上，曾国藩与李鸿章采取了不同策略。曾国藩在攻下天京后不到一个月，即遣散了大部分湘军，主要是为了避免功高震主，给自己带来杀身之祸。而李鸿章则认为：“吾师暨鸿章当与兵事相始终，留湘淮勇以防剿江南北，俟大局布稳，仍可远征他处。”他认为，当前的威胁来自内部叛乱，但长远的威胁在于西方列强，因此主张保留湘淮军，不仅用于平定内乱，更要抵御外侮。
五、出击捻军
同治三年（1864年）十月，清廷命令曾国藩前往皖鄂交界地区，督军防堵从湖北东下的太平军扶王陈得才及捻军。与此同时，李鸿章被任命前往江宁，暂时代理两江总督的职务。这一时期，李鸿章负责协调地方军务和民政事务，为曾国藩的军事行动提供支持。
到了同治四年（1865年）四月，剿捻统帅博尔济吉特·僧格林沁在山东菏泽全军覆没，清廷随即任命曾国藩为钦差大臣，北上督师剿捻。李鸿章再次代理两江总督，负责调兵、筹饷等后勤保障工作。同年八月，李鸿章奏请购置上海虹口洋人铁厂的机器设备，并将这些设备与丁日昌、韩殿甲原有的两个工厂合并，成立了江南制造总局，责成丁日昌负责监督筹划。这一举措不仅增强了淮军的后勤保障能力，也为后来的洋务运动奠定了基础。
由于湘军大部分已被裁撤，曾国藩北上时主要依靠淮军。曾国藩抵达前线后，采用了刘铭传、李鸿章等人提出的“以有定之兵，制无定之寇”的方针，决定在安徽临淮、河南周口、江苏徐州、山东济宁四镇驻扎重兵，并实行一省有急、三省往援的机制。此外，曾国藩还在运河、黄海、沙河和贾鲁河一带设防，推行“画河圈地”的战术。
然而，由于捻军作战灵活多变，且势力强大，曾国藩的防守策略一时难以见效。加上曾国藩对淮军的指挥不够顺畅，导致一年多的时间内，剿捻成效甚微。因此，到了同治五年（1866年）十一月初一，清廷改命李鸿章为钦差大臣，接手剿捻事务。
李鸿章上任后，立即着手扩大淮军规模。李昭庆所部扩充至19营，名为武毅军，并新增了“魁”字2营、亲兵1营和“凤”字7营。此外，还借调了唐仁廉的3营马队。这样一来，剿捻的总兵力达到了7万人。
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