四、镇压捻军
1864年，曾国藩亲自督师剿灭捻军，刘铭传奉令率军由广德北上参与行动。此时，清将僧格林沁正率领精锐骑兵追击捻军，但捻军行动迅速，僧格林沁部疲于奔命。刘铭传的 铭 军 则遵循曾国藩、李鸿章的旨意，保存实力，驻守在六安、霍山一带，并未积极参战。结果，僧格林沁部在追击中遭遇了捻军的埋伏，1.1万多人马被全歼，僧格林沁本人也毙命。
清廷得知此事后震怒，对曾国藩进行了严厉的申饬，并给刘铭传处以革职留任的处分。然而，刘铭传并未因此气馁，他继续追击捻军，冲过周家口，强渡沙河，最终在宏济桥与捻军赖文光、任化邦、牛洛红等部遭遇。铭军凭借强大的洋炮队火力，对捻军造成了重大杀伤，并于次年三月攻下了黄陂县城。刘铭传因此官复原职，重新获得了清廷的信任。
然而，捻军的势力并未被完全消灭。九月，赖文光部与张宗禹部冲破曾国藩的沙河防线，进军河南中牟，并分为东、西两股捻军。曾国藩的河防战略宣告失败，他因此引咎辞职。清廷随后任命李鸿章接任剿捻重任。
李鸿章上任后，趁机扩充淮军，铭军也得到了迅速的发展，尤其是马营的数量和战马数量大幅增加。铭 军 负责追剿东捻军，经过三年的艰苦战斗，终于在扬州瓦窑铺将东捻军战败。清廷对刘铭传的战功进行了封赏，但刘铭传认为封赏太少，且自己积劳成疾不能坐骑，于是请假回乡养病。
在东捻军垂危之际，西捻军闻讯驰援，直逼天津。清廷惊恐万分，严旨催促刘铭传率军护卫。刘铭传向李鸿章献计，将西捻军引到黄河、运河、徒骇河之间的狭长地带进行决战。铭 军 在西捻军被围后发起猛攻，最终致西捻军全军覆没。刘铭传因此晋爵一等男，成为清廷的重要将领之一。
五、失意闲居
随后赴陕甘，配合左宗棠镇压回民起义 [31]。至陕甘后，刘铭传头伤后遗症复发，加之李鸿章保荐出任陕西巡抚未成，以“脑痛欲裂”为由，奏准获假3个月回籍休养。此时 铭 军已有2万人马，刘铭传推荐甘肃提督曹克忠统领。刘回家不久，铭军武毅右营士兵因不服曹克忠管理而发生哗变。因此，刘铭传以荐举 非 人 而受革职处分。刘铭传心灰意冷，退志更坚，即在家乡大兴土木，修建庄园，修成合肥西乡的刘老圩和六安麻埠的刘新圩。
六、保卫基隆港
1883年，中法战争爆发，此时的刘铭传虽已退居乡间多年，但国家的危难时刻唤起了他内心深处的责任感。面对日益严峻的国内外形势，刘铭传毅然决定重返战场。清政府任命他为督办台湾事务大臣，并随后授予他福建巡抚的职务，加兵部尚书衔，负责筹备抗击法国侵略者的任务。
1884年六月，法国军队将战火蔓延至台湾海域，清廷召见刘铭传入京，他立即呈递了一份关于整顿海防和强化军事准备的奏折，表明了坚定的抗法立场。同月，清廷诏令刘铭传督办台湾军务，法国则集结了一支特遣舰队准备进攻台湾。
1884年7月16日，刘铭传抵达基隆，立即着手检查军事设施，并加强了当地的防御工事。仅仅两周后，法国海军直逼基隆港口，要求清军交出炮台，遭到拒绝后，法军于8月5日发动了攻击。在刘铭传的指挥下，守军进行了顽强的抵抗，但最终因实力悬殊而被迫撤退。法军占领基隆港口后，对周边设施进行了破坏。
然而，法军并未能就此取得决定性的胜利。8月23日，法国海军在福州马江发动突袭，击沉了福建水师的所有战舰，掌握了台湾海峡的制海权。随后，法军再度进攻基隆，守军奋力抵抗，但由于损失惨重，刘铭传决定放弃基隆，转而加强沪尾（今淡水）的防御。
在沪尾，法军再度发起进攻，但遭到了清军的强烈反击。清军利用地形优势，采取伏击战术，给法军造成了重大伤亡，迫使法军撤退。这场胜利极大地鼓舞了士气，同时也揭示了法军在陆地作战中的弱点。
随后，法国提出新的和议条件，企图通过占领基隆和淡水作为谈判筹码，但清政府拒绝接受这些条件。为了打破僵局，法国宣布从10月23日起封锁台湾，企图切断台湾与外界的联系。然而，台湾军民团结一致，克服了封锁带来的困难，各地的支援源源不断地通过各种方式抵达台湾。
进入1885年，战斗更加激烈。法军增兵基隆，试图巩固其控制区域，但始终未能突破清军的防线。3月底，法军进攻澎湖，占领该岛。然而，法军在镇南关的失利导致法国国内政局变动，茹费理内阁倒台。
七、晚年
1885年，清廷任命刘铭传为首任台湾省巡抚，这是对他之前在保卫台湾过程中展现出的杰出才能的肯定。在台湾任职期间，刘铭传推行了一系列现代化改革措施，极大地推动了台湾的社会进步与发展。
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