洪武四年（1371年）三月，恭愍王拜谒宪、景二陵时，辛旽埋伏的刺客未能及时行刺，被辛旽骂为“怯懦无用者”。此后，辛旽及其同党日夜策划举事。到同年七月，辛旽门下一个官员李韧得知逆谋后，匿名投书宰相金续命，金续命将此事上报恭愍王。恭愍王下令逮捕辛旽同党奇显、崔思远等人，他们都供认了罪状。辛旽则被骗至正陵（鲁国公主陵）软禁两天，随后流放水原。恭愍王接受都评议司的建议，决定将辛旽处以极刑，派林朴、金?前往水原斩了辛旽。恭愍王还专门数落辛旽的罪状，表示是辛旽先违反与他订的盟誓。辛旽死后，首级被高悬在京城东门，其家属同党数十人被处死和流放。
辛旽伏诛后，恭愍王召还被流放、禁锢的庆千兴、崔莹等功臣，并禁止内宰枢干政，恢复了“都堂”（都评议使司）的权力。这使他的改革再次退步，王权也重新弱化，特别是对明关系的紧张和倭寇问题，更使武将势力大为提升。为了抑制武将的势力，恭愍王在洪武五年（1372年）十月设立“子弟卫”，选拔名门贵族中的年少貌美者入侍，其权势甚至比肩辛旽。子弟卫成员也仗着恭愍王的宠信，淫乱后宫。
洪武七年（1374年）九月的一天，一名叫崔万生的宦官在服侍恭愍王上厕所时透露了益妃怀上洪伦（子弟卫成员，洪彦博之孙）孩子的秘密。恭愍王密令杀洪伦以灭口，并暗示崔万生也难逃一死。崔万生非常恐惧，伙同洪伦、韩安、权瑨、洪宽、卢瑄等在次日凌晨进入寝殿，趁恭愍王大醉时将他乱剑砍死，脑浆溅到壁上。不久后，崔万生的衣服被发现有血迹，遂东窗事发，所有参与者均被处死。
恭愍王死后，葬于正陵旁边的玄陵。儿子江宁府院大君王禑（相传为辛旽之子）继位。此后，明丽关系恶化，直到洪武十八年（1385年），明太祖才赐予了“恭愍”的谥号，高丽加谥为“恭愍仁文义武勇智明烈敬孝大王”。
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