被超梦学到的人类科技开始运转了起来，在城堡的地下，克隆宝可梦的机器将超梦抓来的宝可梦开始了复制。
它不是人类，不是宝可梦。所以它要制造自己的‘同类’，以训练家的身份带领着它们，展开对双方的复仇！
陆陆续续的，无数训练家顶着狂风暴雨赶赴了枯叶市。
人们聚集在宝可梦中心，看着窗外没有丝毫停歇意味的风雨，咬咬牙直接冲了出去打算冒雨前往港口。
港口的负责人却表示现在没有船敢于出航，所以没有办法让众人出海。君莎小姐也带着警员在阻拦训练家们，希望众人能为自己的生命负起责任。
小智看到了墙上被风吹的猎猎作响的纸张，有些疑惑的问道：“那个是什么？”
君莎小姐看过去，心情沉重的解释道：“那个是这座城市里宝可梦中心负责的乔伊小姐，在突然出现新岛和高层开设了前往新岛的航线那段时间她就失踪了。”
小刚摩挲着下巴，低声道：“好熟悉，这位乔伊小姐，最近我一定见到过。”
小刚这个年上控在这方面简直有着神明般的眼力，他能在君莎和乔伊两大家族的大合照中分清楚每一个人。
这两个家族也是这个世界上的未解之谜，君莎和乔伊的家族里只能生下女性，并且长相都几乎一模一样。而她们又肩负着责任，所以一直以来都是娶男性进家族，很少有外嫁的情况出现。
就算有，生下来的孩子也依旧是‘君莎’和‘乔伊’。
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