有了日向耀本体确定的基调，光组织凭借着如今在忍界的影响力，就此暗中操纵了忍者联军的布局。
其他各种小分队不说，只说大部队，忍者联军按照作战的距离分为了五大部队，分别为近战联合军分队，近中距离联合军分队，中距离联合军分队，远距离联合军分队，以及特别作战分队。
这其中，近战联合军分队，负责斩杀数量最多的敌人，是在最前线战斗的队伍，这个队伍中集齐了大量云隐和岩隐忍者，由雷影艾作为统领，土影之子黄土作为辅助！
近中距离联合军分队，负责持久作战，其编队较为复杂，既有擅长作战的人物，也有大量的医疗忍者、封印班，这其中由旗木卡卡西作为统领，岩隐上忍文牙作为封印班队长以做辅助。
中距离作战联合军分队，以擅长暗器和武器的忍者为主，在现在的时代，以呼吸法剑术的忍者为主，经过光组织的暗中操控，这个分队，由照美亮作为统领，红土和奥摩伊作为辅助。
远距离作战联合军分队，则以擅长忍术的忍者为主，并负责支援前线和后方的部队，由五代风影阿兹尔为统领。
至于最后的特别作战分队，则全部由武士构成，乃是三船特别要求五影所进行的编组。
而当忍者联军的五支大部队组成后，却又有不速之客上门，要求参与忍界大战了！
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