军队方面，新成立野战第三师，以秦汉任师帅、李太春任总教、清军张国梁战死后来投的参将罗虎任副师帅。曾顺的水军有自制浅水炮舰五艘，各舰均装备大口径宣武炮三门，小口径宣武炮五门，另有木制小艇二十艘，进攻不行，自保有余，至此，魏宣武麾下野战部队已达二十多万人。戴天德已研制出了手摇式连发枪，一分钟可发射子弹100发，但是这种枪太笨重，枪管还易发热，所以没有批量生产装备部队。在戴天德、沈节、冯文彪和洋工程师们的研究下，宣武步枪经过改革，解决了后膛转膛步枪的漏气问题，制造出了类似于八年后法国夏塞波研制的装备法国军队的后膛转膛制式步枪，并于1859年1月达到批量生产，因当时原材料供应增加，枪管、炮管制造工艺改进，各种机器设备的仿造，宣武步枪的产量达到了月产一万支，宣武炮月产达到了小口径三百门、大口径一百门，都翻了番，质量也得到了很大改进，枪刺厂的投产也让部队完全淘汰了长矛。各种子弹、炮弹也大量生产，亨利带来的一个洋技师会生产一种没有烟的“火棉”，可制成无烟火药，只是不太稳定易爆炸，戴天德组织人员对其进行专门研究。
魏宣武与古大力、秦汉、关保、任柱、萧子规、沈节等编写了《步兵操典》、《骑兵操典》、《炮兵操典》、《辎重操典》、《探子术》、《传令兵术》等教材，从队列、刺杀、格斗、负重、耐力、速度、弹跳、攀援、射击、骑术、化装、测绘兵、操炮等，经过整训，部队战斗力大大提高。
另外，凡家中缺少劳动力的各村地方部队均会帮助耕种土地，两省各县都建了专门收容残疾人的福音堂、专门收容丧失劳动力孤老的积善堂、专门收容孤儿的育婴堂，两省省府各成立了一家医院，中医、西医都有。各战败清军、太平军、捻军部队时不时都有兵将来投，魏宣武选其可造之材分入各类学堂学习，储备军、政、工人才。天道教在各省都得到了大量推广，全国教徒已达一千万人，海外各国天道教徒也达到十余万人，魏宣武委任亨利为西洋主教。经过1859年的积蓄力量，魏宣武的陕西、河南两省可谓人丁兴旺、民风淳朴、兵精粮足。
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