严树森趁太平军巴州组建地方部队，人员混杂，一时防守松懈之机从太平军中逃出，刚好庆廉请辞河南巡抚，清廷肃顺保举严树森代理河南巡抚将功赎罪。1861年4月，严树森亲身体会了太平军的厉害，深知形势的严重，上任后，他一面命人去两湖招募数千新勇由河南团练大臣毛昶熙统带， 命河南按察使郑元善督同承惠战死后留下的豫军主力张曜部，就地招兵补械，屯于凤阳府，准备集中全力收复毫州。
1861年，咸丰十一年七月十七日（1861年8月22日），咸丰帝奕詝病死于避暑山庄烟波致爽殿，年仅31岁，皇太子载淳继位为同治皇帝，年仅6岁，咸丰皇帝指派御前大臣载垣、 肃顺等为顾命八大臣。1861年11月，慈禧太后不甘心被排斥在权力之外，联合恭亲王奕欣发动宫廷政变，肃顺等人被杀，从此，慈禧、 慈安两太后开始垂帘听政。实际上，慈禧掌握清政府的最高权力，历时四十七年之久，史称：“辛酉政变”，泱泱大清帝国实权从此落入妇人慈禧之手。而从外国侵略者的角度看，这次政变他们也十分满意，因为肃顺等人是极为强硬的保守派，主张不与欧洲人进行任何往来，而恭亲王集团则被打清醒了，主张对外和好，第二次鸦片战争后，事实上洋人势力对于中国政局已经有了相当敏感的影响，所以对于此次政变，他们没有任何异议。通过“北京政变”，中外反革命势力开始结合起来了，1861年7月，清朝统治者决定向英、法等国“借师助剿”，在华洋杂处、经贸发达的上海正式组建“中外会防局”，宣布由英法等外国军队协助李鸿章淮军防守上海，公开勾结外国侵略势力来镇压太平天国革命。《北京条约》签订后，外国侵略者得到了比第一次鸦片战争还多得多的特权，他们对奕?在订约过程中“有求必应”的奴才相十分赞赏，不断地加以扶植，为了保住已经取得的特权利益，英、法、美、俄等国一致同意愿意出兵帮助清朝镇压太平天国运动。1862年5月，在送回第二批500名留洋学生并带一批先进技术资料抵达开封后回到上海，亨利也受到了英国政府的警告，并遣送回国限制其离开英国，这段时间，亨利只能呆在英国继续发展天道教徒。
在辛酉政变之后，胜保得到了慈禧太后的信任，奉命以钦差大臣的身份赴山东、安徽、河南“剿捻”。在1862年8月率部入陕，督办陕西军务，驻军甘肃兰州府，准备夺回陕西。
1861年8月，陈玉成、杨辅清调集重兵向曾国荃“吉字营”防线发起最后一次冲击，太平军英勇拼杀，一度抵达湘军营盘，可依然无法突破防线。9月，叛将程学启献上“穴地攻城”战术，轰破北门十余丈，而后亲率敢死队从炮眼杀入，向曾经战友举起屠刀，安庆就此陷落，包括守将叶芸来在内的余将士全部遇难。至此，天京西面门户洞开，再也无险可守，太平天国灭亡进入倒计时。没能保住安庆，陈玉成无奈之下撤出集贤关，湘军则趁机毁掉关内营垒，完全控制安庆内外各战略要地。
咸丰十一年（1861年）八月，在江西招兵买马的忠王李秀成和童容海、汪海洋等率领的回朝大军（抛弃石达开回天京）会师了。瞬间李秀成实力猛增，麾下有了20多万人马。月底，李秀成决定趁势攻入浙江。于是李秀成、童容海、汪海洋、朱衣点、黄添理等统帅20多万太平军，分为左中右三路自江西广丰、玉山开拔，浩浩荡荡直奔浙江西部重镇衢州。衢州守军金衢严道江允康、知府吴艾生、总兵李定太、崇志等仓促应战，断通和浮桥，闭城固守。衢州城坚固高立，壕沟深陷，护城河环绕，太平军的枪炮箭镞很难击到城墙上的清军。加之，清军发动了衢州城内的男女老少来协助守城，一时间衢州难以攻破。两天后李秀成增兵数万，把城下的壕沟和护城河用泥土填平，再发动了一次最猛烈的进攻，和清军血战了一天一夜，可惜还是没能攻克。1861年9月下旬，李秀成吸取3年前石达开围攻衢州91天未下的教训，趁早撤兵了转攻杭州，12月，李秀成攻克杭州。至此，浙江的杭州、嘉兴、湖州为李秀成军，金华、严州、宁波、绍兴、台州、温州为李世贤军，太平军占据了浙江绝大部分地区。只剩了温州一小块和衢州还在清军手中。1861年夏，李自成集结重兵攻打上海，欲占据这块财货堆积如山、富得流油的商贸宝地，由于西洋列强公然干预，器械精良的外军配合淮军作战，在其绝对的火力压制下，太平军的人海战术难以奏效，死伤颇重，李秀成被迫撤军，首次攻打上海失利。
1861年秋，太平天国战略要地安庆失守，捻军失去依托，难以立足，张乐行乃于是年12月率捻军从定远撤退，北归颍上。陈大喜、张凤林想从豫东招兵入山东，魏宣武同意，但规定不能强征，结果，陈大喜、张凤林仅从豫东带走死党千余人，到山东与张宗禹部汇合与由直隶南下的僧格林沁部周旋，于1861年春先后在巨野羊山集、菏泽李家庄、汶上杨柳集三败僧格林沁。投陈玉成的捻军首领孙葵心在挂车河之战手臂负伤后于庐州养伤运粮时，遭到了地主武装团练的偷袭，被一个名不见经传的团练小兵用矛刺穿心脏。“圩寨战术”发明者刘玉渊从河南购粮后在山东巨野东南30 公里之羊山集，大败僧格林沁后还守雉河集。
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