继承帝位
黄龙元年(公元前49年)十二月，汉宣帝驾崩，太子刘奭继位，是为汉元帝。第二年(公元前48年)改年号为“初元“。汉元帝在位期间汉朝比较强盛，但也是衰落的起点。豪强地主兼并之风盛行，中央集权逐渐削弱，社会危机日益加深。[
自废武功
宣帝临终前，已为元帝安排“三驾马车“辅政，以乐陵侯史高领衔，太子太傅萧望之、少傅周堪为副。元帝的信任与支持，让萧望之等儒臣看到改弦更张推行仁政的希望，但这只是昙花一现。元帝对两位师傅特别信任，儒臣的影响力与日俱增，致使被冷落的史高心理失衡，与萧望之产生嫌隙，权力斗争的阴影随即笼罩着朝廷。史高与宦官里外呼应，反对萧望之的改革主张。萧望之忧虑外戚放纵、宦官擅权，于是向元帝建议：中书是国家政事之本，应由贤明公正之士掌管，武帝优游饮宴于后庭，任用宦官掌管中书，不合乎国家旧制，且违反“古不近刑人之义“，必须予以纠正。元帝初即位，由于性情柔弱缺乏主见，不敢做出调整，议论久而不决。萧望之提出此动议，却招致宦官中书令弘恭、仆射石显等人嫉恨，于是他们与史、许两姓外戚联手，共同对付萧望之，只用两个回合，就将萧望之逼死。萧望之饮鸩自杀，元帝非常震惊，为之痛哭流涕，责怪弘恭、石显等人害死自己的贤傅。但他却没有惩治逼死师傅的幕后推手，只是口头责问弘恭、石显等人，使其“免冠谢“而已，事后对他们宠信如故。从萧望之死，能看出元帝政治上短视与低能，空怀匡正理想，而缺乏战略眼光与政治谋略。毫无疑问，元帝若要推行新政有所作为，必须将儒臣作为主要依靠力量。元帝放纵宦官逼死萧望之，放逐其他儒臣，无异于自废武功，自断臂膀。
威权旁落
外戚、儒臣、宦官三种势力角逐，宦官成为大赢家。萧望之死后不久，中书令弘恭当年病死，石显继任中书令。此后，中枢权力急剧失衡，向石显一方倾斜。出于对石显的信任及自身健康原因，元帝将朝政全部委托他处理，事无大小，都由他汇报决断。于是石显威权日盛，贵幸倾朝，公卿以下无不畏惧他。石显俨然一言九鼎，“重足一迹“。元帝虽为天子，权柄却握在石显手中，一切听任石显说了算。元帝特别宠信宦官，主要基于一种天真的想法，认为宦官没有家室，不会缔结“外党“。但这是一种错觉，石显之流其实颇擅长“结党“，他不仅与宫廷太监结为“内党“，而且勾结史丹、许嘉等外戚，并拉拢那些见风使舵的匡衡、贡禹、五鹿充宗等儒臣，结为“外党“；内外呼应，兴风作浪，党同伐异。
易学大师京房曾提醒元帝不要宠信佞臣，元帝却执迷不悟，依然听任石显专权；京房触怒石显，很快被逐出朝廷，随后又因“非谤政治“而被处死。石显擅权期间，纲纪紊乱，吏治腐败。王昭君因为不愿出钱行贿，画师便将她丑化，不得不出塞远嫁匈奴。昭君出塞让元帝惊悟国政混乱，然而对于宦官危害国家，他始终未能悟察。司马光评述：“甚矣，孝元之为君，易欺而难悟也。[]“说白了，元帝太好糊弄，居然让石显玩弄于股掌之间。宦官石显的专权，实际上正是汉元帝纵容的结果。在帝制时代，大权旁落乃为君之大忌，尤其是想要有所作为的君主，必须善用最高权力施展抱负。
中年去世
竟宁元年(公元前33年)五月，汉元帝在长安未央宫去世，终年四十二岁。葬于渭陵(今陕西咸阳市东北12里处)。死后庙号高宗，谥号孝元皇帝。太子刘骜登基，是为汉成帝。[
为政举措
改革陵制
汉元帝永光四年(公元前40年)十月，汉元帝下令西汉帝王诸陵依其地界分属三辅管理，此前诸陵总属太常管理。又以渭城寿陵亭部原上为初陵，诏令不要重新建立县邑和迁徙国民。
汉匈和谐
宣帝时期，随着汉朝国力的增强，匈奴力量一再削弱，汉匈关系发生了历史性的变化。宣帝神爵二年(h
（公元前60年)以后，匈奴统治集团内部出现权力之争，初有“五单于争立“，互相不容，屠戮兼并，西汉“单于天降“瓦当最后形成呼韩邪单于与郅支单于的对立。在汉元帝期间，在汉匈关系上出现了两件大事，一件是陈汤平灭郅支，一件是昭君出塞。平灭郅支汉元帝刚即位的时候，匈奴郅支单于自以为与汉朝距离遥远，加之怨恨汉朝支持他的仇敌呼韩邪单于，就有与汉绝交之意，并与康居王勾结起来，在都赖水(今恒逻斯河)畔兴建了一座郅支城(今江布尔)，作为自己进一步扩张势力的基地。郅支将势力向汉西域发展，直接威胁汉朝在西域的统治。
建昭三年(公元前36年)，新一任西域太守对匈奴发动攻击，获得大胜。至此，汉朝最后消灭了虎视西域的敌对势力。以后近40年，西域维持着和平状态，丝绸之路也畅通无阻。陈汤为官虽有不少劣迹，但他矫诏兴兵、平灭郅支的功绩应当肯定。和亲匈奴郅支被杀之后，呼韩邪单于既为消灭政敌而高兴，又畏惧汉朝的威力。竟宁元年(公元前33年)正月，呼韩邪单于第三次入长安朝汉，并表示愿娶汉女为阏氏。
元帝也愿意用婚姻的形式巩固汉、匈之间的友好关系，就以宫女王嫱配他为阏氏。汉元帝认为这次政治联姻可使“边陲长无兵革之事“，特意把年号改为“竟宁“，意即边境安宁之意。呼韩邪单于封王昭君为“宁胡阏氏“，“宁胡“意即“匈奴得到昭君，国家就安宁了“。从此，汉匈长期战争状态宣告结束，双方一直保持着友好的关系。汉代出塞和亲的女子比比皆是，而且大多是金枝玉叶的宗室公主。但她们的为人行事，很快都随着历史的长河流逝了，唯独“良家子“出身的昭君却流芳千古，人们怀念不已。
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