有弘树和诺亚，他又放出了一层接一层的烟雾弹，加上组织里内应的配合，成功把组织的卧底名单揪了出来——虽然是全世界的卧底名单，但出于利益关系，并没有直接交给其他各国，而是直接提出来交换条件，在约定好的时间，将那些蛀虫一网打尽。
其中就包括曾经害的苏格兰暴露的警视厅高层，当初源千译抓出来的只是替罪羊。
这么大规模的抓捕行动，自然打草惊蛇。
但源千译和诸伏高明、黑羽盗一等父辈组联手布了个局，把组织的针对目标短暂转移到了动物园上，黑羽快斗和工藤新一——小哀研发出了永久解药，这对长相极其相似的堂兄弟也玩了一出偷天换日，基德的身份彻底从快斗身上摘了下去，黑羽盗一重新签署了一份协议。
不过少年们并没有在决战中隐身，工藤新一和毛利兰全部坦白，得知了毛利小五郎其实早年辞职是为了转入暗处调查组织，手里有了一部分组织成员名单，多是外围成员，但也有一部分代号成员，为公安的抓捕行动提供了可靠信息。
工藤新一理所当然被女朋友和未来岳父联手揍了一顿，不过还是顽强地爬起来，加入击溃组织的行动。
宫野明美倒是想去一线，但要调度源氏的人，稳定后方，弘树手里有源氏的令牌，源千译完全是撒手掌柜，决战一开始他就不知道跑哪里去了，只留下一张字条。
还没退休多久的清水夏带着满满的怨气回归岗位，算上森川管家，四个人好不容易才把源氏控制住。
源千译那个疑点重重的小叔叔也露出了尾巴，是组织拿源千译爷爷鼓捣出的克隆人，准备取代源千译掌管源氏投靠组织，被灰原哀和宫野明美设计放倒，交给了前来毁尸灭迹的清水凛。
清水凛直接给人封水泥里沉东京湾了。
这种东西不应该存在。
阿尔卡彭威士忌就是他。
组织之间争斗，公安渔翁得利，一举捣毁动物园组织，黑衣组织才回过味儿来被算计了，直接强硬带走了难得落单的源千译，又派出库拉索盗取世界卧底名单。
公安对此早有准备，诸伏景光带领一众公安，追捕库拉索，但对方逃亡后下落不明，疑似在爆炸中死亡。
不过柯南得知这件事的第二天，就遇到了一个长相与诸伏警官描述极为相似的女人，失忆，宛如一张白纸，和孩子们在游乐园玩了一天。
组织在得知库拉索失踪后，尽管有派人去找，但被他们带回组织里的源千译开始了行动，不禁焦头烂额，琴酒已经崩了不少人了，一时不察，库拉索被公安带走。
朗姆的情报被库拉索说了个干净。
作为交换，诸伏景光做担保，库拉索换了名字，去帝丹小学当了老师，但是一生都要接受公安的监管，并要定时去接受公安的心理诊断。
源千译那边，组织在前世给他植入了一段控制指令，不过早就被系统老大毁了，他装出一副被控制的样子，迷惑了所有人后暂时处于软禁状态。
他的精神力对组织boss来说是最后一条后路，所以没有受到任何伤害，甚至哪怕琴酒看他十分不爽，掏枪无数次也奈他不得。
期间岑盏有来找他，还带来了血腥玛丽。
女人一袭黑裙，戴着黑色的蕾丝帽子，丝片遮住她的大半张脸，露出烈焰般的红唇。
明明在室内，血腥玛丽却还打着一把宽大的黑伞，整个人被黑色包裹，死气沉沉。
看到源千译，那双紫罗兰色的眸子亮起一点光芒。
三人谈了什么不为人知，就在库拉索失踪的消息传回组织的时候，源千译被定为组织的继承人，boss自此隐身。
紧接着，血腥玛丽和源千译的一次见面时，突然失去控制，掏枪击中了源千译的心脏，源千译被送到boss身边，准备发挥死前的最后一次价值，打通前往异世界的道路。
血腥玛丽叛逃，被得到消息的君度送出组织，和贝尔摩德会合后，逃跑路上顺便干死了追来的渡边白铃和基安蒂。
Boss最信任和宠爱的两个女人，贝尔摩德、血腥玛丽双双叛逃，乌丸莲耶气的差点死在他所以为的成功的前一天。
血腥玛丽恢复真实姓名——源曦月后，接手了亲儿子的联合搜查会议总指挥一职，贝尔摩德则是和工藤新一、毛利兰见了一面，之后答应被公安管控起来，等待灰原哀研发出能够破解不老魔咒的解药。
原本奄奄一息的源千译其实问题不大，还能救回来——系统帮他开了防护，挡下大部分伤害。不过乌丸莲耶那个老家伙为防变故，还是打算立刻利用源千译开启通道。
他先把意识上传到网络，不出意外被一直守着的诺亚和弘树攻击，然后又想入侵源千译的意识空间，被系统反击。
就在他慌里慌张想要回归本体的时候，各国前往前线的人员终于攻打到了这座地下秘密基地。
降谷零一直没有暴露卧底身份，作为东京仅剩的代号成员，被琴酒带到了这座堪称地下钢铁的基地。
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