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OP/ED/电影柯南形象
阿笠博士为缩小后的柯南发明了许多帮助他行动的道具列表
脚力增强鞋
通过电力和磁力刺激足部穴位，使肌肉的力量发挥到极限。通过右侧的旋钮调节，有3种不同的力量。[30]
侦探徽章
主要组成部分是超小型无线电对讲机，用于通讯，紧急时对话很方便，另外内藏超小型电讯发信器，柯南可以通过追踪眼镜得知侦探徽章的位置。[31]
便当型传真机
在便当里面加了个传真机：摁一下米饭上的酸梅就能弹出传真机，上面的虾真的可以吃。仅出现一次。[32]
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人际关系
注：此处仅收入与工藤新一关系较为重要的角色。
工藤新一因为目击黑衣组织的交易被发现而遭毒手，被灌下APTX4869（组织研发的药物）后导致身体缩小至7岁左右。新一担心自己的事会危及周围人的安全，而在阿笠博士的帮助下隐藏真实身份，化名江户川柯南，寄住在与自己青梅竹马的女友毛利兰家中，转学至帝丹小学一年B班，与吉田步美、圆谷光彦、小岛元太成为朋友，四人组成了少年侦探团。[6]
工藤新一身体变小
柯南住在小兰家中，希望借助小兰的父亲毛利小五郎侦探的身份追查组织，可是小五郎却是个迷糊侦探。柯南只得借助自己没有减退的推理天份帮助小五郎破案，但因为身体变小导致办案时不便，危险性也增加，因此阿笠博士为他发明了手表型麻醉枪和领结型变声器等道具。柯南利用这些道具“代替”小五郎（或铃木园子）进行推理，破解疑案，使得原本默默无闻的小五郎声名大噪，得到了“沉睡的小五郎”称号。与此同时，柯南也一直急切地追查组织。[5]
宫野明美化名广田雅美，到毛利侦探事务所委托寻人，后被琴酒灭口。柯南在明美临死前赶到，明美透露她属于黑衣组织（对应动画改编为与组织无关，后来才以原创形式补上该段剧情）。[52]
在新干线火车上，他遇到了将其灌药变小的两名组织成员，通过窃听获知他们的代号是“琴酒”和“伏特加”（但在对应动画中却被改为与组织无关，柯南得知二人代号的方式不明）。[54]
因为小五郎参与满天堂公司的产品发布会，柯南偶遇组织成员龙舌兰。但龙舌兰旋即被误炸而死，组织的痕迹也被湮灭。[55]
之后，柯南结识了关西的高中生侦探服部平次，并且变小的事情被平次发现。二人随后成为挚友，柯南在追查组织时经常找平次合作。[56]
追查贝尔摩得
APTX4869的研发者宫野志保（代号“雪莉”）服药变小并逃离组织，寄住在阿笠博士家，化名灰原哀，和柯南一样隐藏身份转至帝丹小学一年B班，加入少年侦探团。柯南起初对灰原充满警惕，后在得知灰原为宫野明美的妹妹后开始相互信任。[57]
一日，柯南和灰原偶然发现了琴酒的保时捷，意欲跟踪时被琴酒发现了跟踪器。但柯南依然得知组织成员皮斯克将在杯户饭店进行暗杀行动。柯南和灰原赶到，琴酒却已将发现雪莉会到杯户城市酒店一事告知了皮斯克。皮斯克暗杀吞口重彦成功后发现并认出灰原，将她迷昏并藏在饭店酒窖里。柯南与灰原取得联系后让她喝下白干。灰原恢复身体，从烟囱逃至饭店顶楼，遇到埋伏的琴酒和伏特加，身中数枪。柯南赶到后用麻醉枪击中琴酒，同时灰原由烟囱逃回酒窖。此时白干效力已过，灰原身体变回。皮斯克在准备处决灰原时，柯南再次赶到解救了灰原，而皮斯克则因被媒体拍到照片被boss下令由琴酒灭口。灰原感觉当时还有其他组织成员在场，柯南也通过手帕颜色推理出当时在场的美国女星克丽丝·温亚德也是组织一员。[58]
由于在侦探队洞窟探险事件中身中枪伤，手术后抵抗力变得比较差一些，很容易引发上呼吸道感染（感冒）。
这之后，柯南相继结识茱蒂老师、新出智明医生和詹姆斯·布莱克，而曾同乘一辆车的赤井秀一监视毛利侦探事务所，跟踪灰原。高木警官告诉柯南，警视厅毛利侦探办过的案子案卷都被偷走，这引起了柯南的紧张。柯南在基本确定克丽丝是组织成员的同时怀疑茱蒂老师是克丽丝假扮，并曾与服部平次一起去试探茱蒂老师的身份，但没有收获。[59]
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓。从委托人的谈话中柯南了解到他就是龙舌兰接触的对象，但板仓已身亡。最后柯南通过追查命案，获得了组织的线索——板仓的日记，了解到了黑衣组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。板仓的日记中提到黑衣组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，要使时光倒流。
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