玉清元始、上清通天和太清太上回到昆仑山后便开始潜心钻研得来的真经功法。
其中，玉清元始在深入研究《玉清真经》时，突然间灵光一闪，领悟到了一种名为“玉玄清气”的修炼法门。这种法门与众不同，它极度重视内在的修养以及智慧的启迪。通过修炼玉玄清气，修士们不仅能提升自身的灵性，还可开启隐藏于体内深处的灵性及智慧之门，并借此提高对修行之道的领悟力以及突破修行境界所需之能力。
正因如此，元始天尊在收徒时极为严苛，尤其看重弟子们是否具备扎实的根基——也就是所谓的“脚根”。毕竟，只有那些拥有超凡悟性之人，方可迅速掌握玉玄清气这门高深莫测的修炼法门，并借此不断提升自己的修行境界。而对于那些天赋稍逊一筹者而言，则需付出更多努力方能有所成就；若无足够天资，恐终其一生亦难窥得大道真貌。
上清通天仔细研读着《上清真经》，渐渐地领悟到了上玄清气这种神奇力量的修炼法门。他明白，上清玄气不仅仅是一种理论知识，更需要通过亲身实践和不断修炼来掌握其中精髓。
在上清玄气的修炼过程中，通天逐渐发现，如果能将玄清气与各种法术以及符咒相互融合运用，那么这些法术将会得到极大程度的增强，其威力也会变得更为惊人。
而之所以上清通天所修炼的上玄清气功法如此强调实践，正是因为这样才能真正做到“有教无类”——无论是拥有灵智的草木、顽固不化的石头，还是奔跑行走的野兽、翱翔天际的飞禽，只要它们具备一定智慧，皆可拜入截教门下开始修炼之路。
另一边，太清太上则从《太清真经》里参透出了太玄清气的独特修炼法门。相较于上清玄气对实践的侧重，太玄清气更注重个人道德层面的涵养以及与外部环境间的和谐共处。
通过修炼太玄清气，不仅能够有效引导体内能量的流转，还可以对外界的气场产生积极影响。此外，它还有助于调整人体内部的能量平衡，实现舒缓身心、调和气血等多重功效。
正因如此，太清太上始终保持着一种超脱世俗纷扰的姿态，仿佛永远置身于三清之间争斗的旋涡之外。这种处世方式无疑源自于他对于和谐理念的极度尊崇，人们常戏称他善于“打太极”。
由于三清所修之法门各异，其对于“道”的领悟自然大相径庭，这直接导致了玉清元始与上清通天二人理念上的重大突破。自此之后，玉清元始便时常因道义问题同上清通天争执不下，而太清太上对此早已司空见惯，有时甚至会劝解通天要给元始留些颜面，毕竟元始年长于他。
尽管元始曾与通天意见不合，但终究血浓于水、情同手足，且皆为盘古正统。故而他们仍会一同探讨大道真理，共同闭关苦修，并从盘古留下的印记之中参悟出了至高无上的秘法——一气化三清。
玉清元始、上清通天以及太清太上三人本就是由盘古大神的元神幻化而成，自然也需要继承相应的功法。其中，这《九转元功》乃是盘古当年所修炼的《九转玄元功》衍化而来，属于专门针对元神进行修炼的法门。
与《九转玄功》这种让祖巫锤炼肉体的功法有所区别，尽管它们同出一源，但具体的修炼成效却各不相同。只要将《九转元功》修炼至大成境界，便能够证道成为混元大罗金仙；然而相比之下，通过《九转玄功》以肉身来证道混元大罗金仙则更为困难一些。
不过值得注意的是，虽然《九转玄功》肉身证道后的混元大罗金仙实力要比《九转元功》元神证道更为强大许多，但想要真正修成正果却是难上加难。
由于三清过于专研《玉清真经》《上清真经》《太清真经》而忽视了自身传承《九转元功》，虽然道法有很大的进步，但是境界很长时间没有容破，还是停留在混沌金仙初期
修炼之路漫长而枯燥，长时间未能突破瓶颈更让人心烦意乱。
上清通天抱怨道：“整日埋头苦修实在无趣至极，不如出去走走换换心情。”太清太上则若有所思地说：“我刚刚推算过天机，发现如今局势混沌不明，仿佛预示着一场巨大的劫难即将降临。”
玉清元始接着分析道：“近来各族生灵迁徙异常频繁，许多族群纷纷涌向昆仑山寻求庇护。种种迹象皆表明，洪荒世界在经历了凶兽量劫之后，再度面临新一轮重大的量劫考验。咱们在外修行时需处处小心谨慎才行啊！毕竟外出走动容易被劫气缠身，引发一系列因果报应。所以还是老老实实待在此处闭关修炼吧。”
上清通天明白此时不宜外出，心中虽感烦闷，但也只能无奈地返回洞府继续闭关潜修。
太清太上面色平静地问：“元始兄长，依你所见，此次洪荒之势将会如何发展？”
玉清元始沉思片刻后回答：“根据我的观察和推算，量劫过后必有圣者诞生。”话音刚落，他便转身回到自己的地方开始修炼起来。
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