而保护伞的艾萨克博士，则一直进行着他的邪恶计划……
正线：伟大的指挥官黎谱，将再一次领导人们战胜保护伞。
保证幸存者车队减员不超过五人，获得“领袖军刀”。
帮助爱丽丝消灭艾萨克博士，获得特质项点数一点，开启后续《生化危机4》。
领袖军刀：锋利无比的指挥官专用武器，能够鼓舞士气，在黑暗中赋予追随者希望，就算损坏，在下一个世界也能恢复如新。
黎谱查看了一下武器信息，发现和善良之枪不同，这把武器并无升级项。
邪线：抓住爱丽丝，献给艾萨克博士，你将获得由艾萨克博士亲手注入你体内的G病毒。
G病毒：艾萨克博士提取了爱丽丝血清，与传统T病毒相结合创造的新型强力病毒，可以在人体中产生强大的寄生体。
“神经病，选正线。”
“作为一个情圣，你在飞机失事时，为了保护你新交的女朋友吉尔，将降落伞留给了她，主动从飞机上跳落。所有人都以为你已经死了，但你却奇迹般地落在了一只变异的安第斯神鹫背上，控制着这只怪物平安着陆。”
“随后的时间里，你孤身一人调查着保护伞公司总部位置，试图刺杀保护伞高层，终结他们的邪恶目的，只可惜你的行动永远快不过T病毒。”
“与爱丽丝一样，你成为了孤身游荡在废墟中的独行侠，你刚刚杀光了一家末日食人家族，收获到少许物资，这时你听见外面传来了摩托车的声音。”
“你拔出了手枪。”
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