与此同时，位于宇宙要塞的暗黑星上，京刺客正在谒见暗黑星的最高首领，并一同看到了由迪曼双姝传送来的4706临死前的影像。
于是京刺客主动请缨，接下了消灭传说中的阿尼拉人的任务。
然而此时，地球上的人们并不知道，迪曼军团这一紧锣密鼓的侵略安排，他们全都陷入了脱离地球灭顶之灾后的一片欢天喜地之中。
小光、敏敏、阿离和小博更是成为了同学们眼中的救世大英雄，受到了无上的礼遇，甚至马丽老师在他们面前都成了小粉丝。
对此，作为知情者的苗条俊并没有多说什么！
虽然后续还有一场硬仗要打，但已经与地球人的大多数人没有关系了！
小光和小博被捧上了天，不禁有些飘飘然，好在阿离还保持着理智，仍未忘记在4706临终前“要找出精神控制所有迪曼人的幕后主使”的承诺。
可是在这宇宙茫茫之中，他们又要怎样去找寻这个幕后主使呢？
正在众人犯愁的时候，爱莉、雪诺和凯洛不期而至。
原来在过去的一段时间内，他们发挥了自己擅长间谍活动的特点，潜入了迪曼军团前线基地的数据库，发现了那个罪魁祸首的名字—杰罗。
他不仅是史上第一个迪曼人，更是一直存活了数十万年，坐镇在迪曼军团的总部暗黑星，始终作为迪曼军团的最高权力者，权倾天下。
同时，他的生命力、智慧和战斗能力都是宇宙中最强的，是令人难以置信的迪曼人终极最强集合体。
可就在爱莉等人想要继续深入了解杰罗的资料时，他却主动以迪曼全息影像的形式现身了，并向小光等人下达了毁灭地球的宣战书！
而运用暗黑动力原理制成的终极毁灭兵器—迪曼爆破，此刻也已经接近完工。
此刻，地球保卫大战一触即发。
而此刻的萌学园这边，也同样不平静！
按耐已久的司徒长老终于动手了，黑磁石再一次回到了暗黑大帝的手中！
重新得到黑磁石的暗黑大帝力量大增，一直囚禁他的五星封印，也因此有了一丝松动！
而更糟糕的是智之星，也在此时陨落了。
虽然智之星陨落并不代表谜亚星的死亡，但这对如今的萌学园而言仍是一个不小的打击！
而且谜亚星的失踪，也代表着原本不全的萌骑士又少了一员大将！
还有萌学园里竟出现了怪兽，还神秘人士频繁出现在萌学园，他又会是谁呢？
难道是暗黑大帝的爪牙出现了？那他的出现又是否会让萌学园再次陷入危机呢？
神秘的暗黑X档案意外被哈利波波发现，随着它流入到同学的手中，又会发生什么不好的事情呢？
与此同时，消失已久的肯豆基长老再次回到了萌学园，乌克娜娜也得以与爷爷再次团聚。
只是伴随着暗黑X档案一同出现的轮回血石，失去了暗黑X档案的遮掩后，一直在向外释放着邪恶力量，它又会在萌学园里造成什么影响呢？
不过位于下水道封印中的暗黑大帝，显然已经察觉到了轮回血石的出现，并派出自己的手下意图夺回轮回血石！
还有魔法预言书再次预言，下一任的智之星即将出现，那么下一任的智之星又会是谁？
不久之后，萌学园里来了一名来自人类世界的甜心女巫，这件事在萌学园里引起了不小的骚动！
而恰巧此时暗黑X档案又被打开了，难道KiKi老师也是暗黑大帝身边的人吗？
由于没有太多人注意到轮回血石的存在，它很快就回到了暗黑大帝的手里！
与此同时，夸克族大长老竟宣布卸任，在请帕主任转交一个救命锦囊给萌骑士后,便带着暗黑X档案消失不见了！
与此同时，一次意外让众人发现，木兰花花的传家宝竟然就是海地司！
不久之后，魔法预言书竟告知众人智之星诞生，难道是谜亚星回来了吗？
不过令人失望的是，谜亚星并没有回来，而是哈利波波成为了新一任的智之星！
暗黑大帝在感应到海地司的出现后，立即派出暗黑军团进入萌学园掠夺海地司!
为了不让暗黑军团的目的达成，熇炎毅然带着海地司进入了反嗜镜。
失去了海地司后，暗黑大帝又是否能顺利复活?
虽然海地司已被熇炎带入反噬镜，但是暗黑军团仍在萌学园肆虐，且外援迟迟未到！
帕主任察觉情况不妙，立即前往电话亭查看援兵何时到来，却发现电话亭已被毒藤蔓锁死！
幸好哈利波波及时修复了电话亭，令欧斯长老等人得以返回萌学园！
最后合众人之力，再次封印了地下水道，取得了这次战争的胜利。
可是力量强大的海地司在进入反噬镜后，却破坏了时空封印的部分结界，不慎开启了时空裂缝！
时空裂缝中窜出的暗黑气息，连带着影响到了日月潮汐，难道夸克族即将灭亡了吗！
一时间萌学园人心惶惶，学生们开始纷纷出走！
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