孝庄太皇太后也知道，现在是时候行动了。她开始暗中支持康熙，为他提供各种帮助。而康熙呢，也开始积极准备。他暗中培养了一批武艺高强的侍卫，准备在合适的时候对鳌拜动手。
就这样，一场惊心动魄的权力斗争即将拉开帷幕。
康熙六年（1667 年），索尼去世，鳌拜逐渐专权，甚至不把康熙祖孙二人放在眼里。康熙八年（1669 年），康熙与孝庄太后计划擒拿鳌拜。
康熙从“上三旗”子弟中挑选一批布库少年，由索额图秘密训练。同时，康熙以沉迷嬉戏之态麻痹鳌拜，使其放松警惕。接着，康熙将鳌拜的绝大部分亲信调离京城，使其在京城势力空虚。
之后，康熙以商议要事为由，在武英殿召见鳌拜。索额图站在殿外，诱骗鳌拜交出兵器。鳌拜进入殿中后，早已埋伏好的一群训练有素的布库少年瞬间从隐蔽处冲出。这些少年虽年纪尚轻，但个个身手敏捷。他们有的从正面扑向鳌拜，有的从侧面夹击。
鳌拜见状，大吃一惊，立刻反应过来，试图反抗。他凭借着自己的勇猛和力量，挥拳踢腿，试图击退少年们。布库少年们人数众多，且配合默契。他们有的紧紧抱住鳌拜的胳膊，使其无法发力；有的抱住他的腿，让他难以移动。
尽管鳌拜力大无穷，但在众多少年的合力围攻下，也逐渐力不从心。少年们毫不畏惧，持续发力，最终成功地将鳌拜按倒在地，使其无法动弹。随后，康熙迅速下令将鳌拜关押起来，宣告了这场擒拿行动的胜利。
从开始计划到成功擒获鳌拜，康熙与孝庄太后精心布局，不动声色地逐步削弱鳌拜的势力，为最终的行动奠定了基础。整个过程展现了康熙年少睿智、果敢决断的一面。
康熙宣布鳌拜三十条罪状，原本应处以极刑，但念及鳌拜资深年久，屡立战功，且无篡弑之迹，于是免其死罪。
拘禁并籍没家产：鳌拜虽免死，但被抄家，并遭到拘禁。鳌拜的两个弟弟（穆里玛、塞本得）和一个侄儿（讷莫）被诛杀，其党羽大学士班布尔善、尚书阿思哈、噶褚哈、济世、侍郎泰璧图、学士吴格塞等皆被处死。其余党徒和亲属分别受到“谴黜”及降职等处罚。
康熙对待鳌拜的后代相对宽容，鳌拜死在禁所后，康熙释放了他的儿子纳穆福。
康熙五十二年，康熙不但赦免了鳌拜的过错，还赐给他一等阿思哈尼哈番（即男爵）的封号，先是由他的侄孙苏赫袭爵，苏赫死后，再由鳌拜的孙子达福袭爵。
到了雍正时期，对鳌拜更好，恢复了他一等公的爵位，此爵位由其后代承袭。乾隆时，又将鳌拜的一等公爵夺去，仍让其恢复之前的一等男爵位，由其子孙承袭。
在鳌拜被处理后，康熙积极推行了一系列举措。
结识了比利时传教士南怀仁。南怀仁在天文、历法、火炮制造等方面才能卓越，康熙任命他为钦天监监正，负责修订历法等工作。南怀仁带来了西方先进的天文观测仪器和技术，如黄道经纬仪、赤道经纬仪等，极大地推动了清朝天文学的发展。
康熙十六年（1677 年），康熙皇帝任命靳辅为河道总督，自此，靳辅便踏上了治理黄河的漫漫征程。
靳辅这人，可不是一般人物。在被任命为河道总督之前，他在地方为官，积累了不少从政经验。而且，他对水利工程那是打心眼里热爱，深入钻研，有着极深的造诣。
靳辅精通水利工程学，对黄河那河道走势、水流特点啥的，摸得透透的。水患一来，他一眼就能看出个中的缘由，靳辅可不是光坐在屋里瞎琢磨，是实打实地去考察。
黄河流域的角角落落，他都走遍了，地形地貌、水文气象，那是了解得清清楚楚，这就为治理黄河打下了坚实的基础。靳辅领导能力那也是杠杠的。治理黄河的时候，他能把广大民众都团结起来，大家一起撸起袖子加油干。
工程上，他严格把控质量，亲自监督进度，有问题当场就给解决了。而且，靳辅还得到了康熙皇帝的大力支持。康熙对他寄予厚望，给足了信任和资源，让他能放开手脚干。
为了实现运河与黄河分离，靳辅那是绞尽脑汁。经过反复研究论证，他决定开挖新河道、修筑堤坝，改变水流走向。带着民众，那是艰苦奋战啊。一方面开挖中河，让运河巧妙地避开黄河主流，大大减少了黄河水对运河的冲击。另一方面修筑坚固堤坝，确保河道稳定。
多年努力下来，成效显着。运河和黄河成功分离，漕运效率大大提高，黄河流域的农业灌溉也有了更稳定的水源。沿岸百姓这下能安心搞农业生产了，土地得到充分利用，农作物产量噌噌往上涨，为国家经济发展和社会稳定立下了大功。
靳辅这治河之路也不是一帆风顺。1688 年，大臣郭琇弹劾靳辅，说他治河九年没啥功劳。
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