发展后期
少林棍术扬名四海之后，少林武僧又致力于拳术的提高。明末，“寺僧多攻拳”，因少林拳术“犹未盛行海内，今专攻于拳者，欲使与棍同登彼岸也”。与此同时，不少文人感叹国事日非，内忧外患，遂自觉习武，以图报国，一时文人习武之风大盛。在武装抗清失败以后，一些志士仁人耻于蓄发留辫当新朝臣民，就纷纷遁迹山林，剃度为僧。他们既有较高的文化素养，有些人又有深厚的武术功底。他们将民间武术与原有的少林武术交流融汇，使少林武功愈臻精湛。
少林拳
入清之后，中原地区习武之风依然盛行。雍正五年（1727），清廷曾下旨严禁民间习武，但少林寺僧众依然暗中练武不辍。少林寺的反清民族意识曾引起清廷的注意，少林武功则通过秘密会社广泛外传到民间。以少林寺为代表的寺院武功在这一时期得到迅速发展，成为武术史上一个引人注目的现象。
明末清初之际，少林武术广泛吸收了北方许多拳派的精华，在本寺武功的基础上加以融汇提炼，形成了内容博深、技艺精湛的少林拳系，全面取得了武术正宗的崇高地位。由于僧俗两界武艺的互相交流，也由于少林武术的名气越来专项大，北方的某些新派也托名少林以自重。这样，少林拳系实际上涵盖了中国北方地区的几乎所有的武术门派，少林武术也成了中国北方武术的总称。
大概在明清时期，少林武功逐渐南传，对南拳拳系、峨眉新系的形成和发展产生了重要影响。少林拳术的要旨是拳禅合一。少林寺是佛教禅宗的祖庭。禅宗以明心见性、顿悟成佛为要旨。在佛门眼中，参禅是正道，拳勇一类乃是末技，僧众们不过是借练功习武达到收心敛性、屏虑入定的目的，同时也可收到健身自卫、护寺护法的效果。正因为禅宗没有把武技看得太重，而是以禅定功夫为根基，泯灭争强好胜之心，屏弃尘俗纷扰之念，才使得武僧们习惯于在心静如水、无患无虑的状态下练功，又兼以寺院武功的传统优势，所以历史上的少林武僧往往得以步入武学的较高境界，这不能不在相当程度上归功于禅法的作用。
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