尚可喜本想同战友们一起揭竿而起，想到孔家寨兄弟，东江镇战友全部参与造反形同孤注一掷，一旦失败必定全军覆没，两家传承就此断绝，自己不如暂时隐忍以待来日。
黄龙能够爬到总兵的位子自然有些能力，“急遣尚可喜、金声桓等抚定诸岛，而躬巡其地，慰商民，诛叛党，纵火焚其舟”。陈有时、毛承禄不能抵挡，决定退走登州与新军主力会合。孔有德恰在此时到来，他命令高成友防守旅顺，阻断关宁、天津两镇援军，为新军赢取时间。
黄龙不得不调动游击李维鸾和尚可喜攻打旅顺，高成友死战不退，都元帅李九成同样陷入苦战。
面对来势汹汹的山东军队，徐从治、谢琏、朱万年、杨御蕃四位朝廷大员各守一座城门，李九成久攻不下。孔有德指点他当分兵，率领新来兄弟攻克平度，然后以得胜之师集中炮火主攻城池一角。尚若依旧无功，就在炮火的掩护下挖地道，灌入火药炸塌城墙。
山东新军和朝廷大军都在攻城，同样不克，战事一时陷入胶着，流言开始在中原大地传播。
朝廷诋报公开声称：李九成和李应元（千总）父子劫有德而叛，且返登沿途攻破六城时，皆以九成为前驱，故有德虽为叛军的直属带兵官，但却以「九成父子材武，且有首事之勋」而让先。
时人有称：“虽孔有德肇乱于吴桥，而造谋桀鷔，为众逆之所推戴者，李九成实居孔有德之右，故其挺身率贼，抗我王师，凶恶至极。 ”
于是天下人皆知李九成为山东叛军首脑，孔有德反而没有引人注意。同样，孔有德他们造反的原因也没有人注意，更没有人在乎。
皮岛战友的到来在一定程度上缓解李九成兵力匮乏，但是与明庭不断赶来的平叛大军相比山东兵马依旧太少。都元帅李九成需要大量可供消耗的炮灰兵。
孔有德将在登州搜刮的财物拨出数十万金拿来犒赏辽东沿海诸岛，不论是自立门户的孔家寨兄弟、东江镇战友，还是称霸一方的山贼海盗，一概诱令同反。
那些人大多出身贫苦，对剥削压迫他们的朝廷只有仇恨没有忠诚，更加没有长远眼光。见到李九成连战连捷，又被大把的银子迷住心窍，头脑一热就跟着造起反来。
辽东半岛沿岸的鹿岛、石城岛等地的兵民均叛，但旋遭黄龙镇压。岛屿军民纷纷渡海投奔登州，李九成手下兵马很快超过两万。他拿下平度县后气焰更加嚣张，按照孔有德的指点开始挖地道。
莱州城四大高官有三个热血冲动不懂军事，杨御蕃却是熟读兵书身经百战。他在城中埋设数口大缸，让耳力异于常人的盲者俯在那里倾听，从中推算出地道的方向后采用你挖坑我也挖坑的方法，剖开地道引入护城河水，淹死不少登州兵。
李九成集中火炮与一角猛烈轰击城墙，在炮火掩护下再次挖地道。这一次盲者们被大炮震聋耳朵没有听出挖掘方向，地道成功挖到城墙底下。李九成用棺材装满火药置入其中击发引火，城墙被炸塌数丈，山东军从城墙缺口处蜂拥而入。杨御蕃早有准备，命令守军向涌入的山东叛军泼下沸油，扔下火把，冲天烈焰下山东叛军死者枕籍。徐从治再命人投下早已准备好的沙袋堵塞缺口。
李九成损失惨重再次失手，好生郁闷。战士们攻城多日非常疲惫防御不免懈怠。莱州守军抓住机会派出敢死队悄悄出城，从几个方向出击，击毁山东叛军火炮多门，颇有斩获。
李九成大怒，决定夜袭报复，可惜连攻三次俱被打退。原来神机营参将彭有谟偷偷摸进莱州城教给守军新的操炮技术。正是在他的指挥下莱州守军才能半夜三更准确射击打退山东叛军的连续进攻，莱州军民称他有“再造之功”。
李九成对莱州束手无策，改强攻为围困，转而席卷其它州县，控制面积迅速扩大。
对于李九成的成败孔有德漠不关心，因为结果已定，就算李九成拿下莱州结果也一样，那就是伤亡过半后扬帆远航。山东距离北京太近，卧榻之侧岂容他人酣睡，朝廷绝不允许有人在这个地方裂土称王，他们绝对不惜调来百万大军剿灭山东叛军。既然结果已定也不用再为过程伤神，要做的就是保存嫡系实力。
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