元代管理海洋贸易的机构主要是市舶司，其管理方式和特点可以归纳如下：
一、市舶司的设立
历史沿革：市舶司的设立并非始于元代，而是早在唐代就已存在。宋代时，市舶制度进入成熟发展阶段，并在广州、杭州、明州（今宁波）、泉州等地设立了市舶司。元代继承了这一制度，并在原有基础上进行了完善和发展。
元代设立情况：元代在主要港口如泉州、庆元（今宁波）、上海、澉浦（今浙江海盐）等地设立了市舶司，后又在广州、温州、杭州等地增设。随着贸易的发展，市舶司的数量和分布也逐渐调整，最终在1297年经过整合，保留了广州、泉州、庆元三个 重要的市舶司。
二、市舶司的职责
管理进出口贸易：市舶司的主要职责是对进出港口的中外货船进行管理，包括船只的进出港手续、货物的检查与验收等。
税收征管：市舶司还负责根据所运货物征收税收，具体税率根据货物的种类和质量而定，如精货收十分之一，粗货收十五分之一，另征三十分之一的市舶税。
监管与服务：市舶司会根据舶商的申请，发给出海贸易的证明，并在船舶返回后进行检查，防止夹带私货。同时，市舶司也提供一定的服务，如提供市场信息、协助解决贸易纠纷等。
三、市舶司的管理体制
行省管辖：市舶司由行省直接管辖，每司设提举二人，从五品，负责具体的管理工作。
法规制度：元代政府制订了一系列市舶法规，如“整治市舶司勾当”的法则二十二条以及新的市舶法则二十二条，对市舶司的职责范围、税收征管、违规处罚等方面进行了明确规定。
四、市舶司的作用与影响
促进海外贸易：市舶司的有效管理促进了元代海外贸易的繁荣发展，使得中国商品能够远销世界各地，同时也引进了大量外国商品和技术。
增加财政收入：市舶税收成为元代政府财政收入的重要来源之一，对于国家的经济发展和社会稳定起到了积极作用。
文化交流：市舶司的设立和管理也促进了中外文化的交流和融合，为后世留下了丰富的文化遗产和历史资料。
综上所述，元代管理海洋贸易的机构——市舶司在促进海外贸易、增加财政收入、文化交流等方面发挥了重要作用，并对后世产生了深远影响。
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