全部政府官员都授予军阶，按军事方式编制起来。军阶根据指挥人数分33级。最高级指挥人，最低级指挥10人。每个军官至少在原则上是由皇帝任命的，兵士由官吏自己募集、给养。军官按品级领有大小不同的军事封建领地“贾吉尔”；文官按级别从国库领取薪饷，而不占有贾吉尔。这些规定加强了中央对各级官吏的控制，并限制了大贾吉尔达尔的地方割据倾向。
阿克巴每天有三次会议：一次是公开上朝，第二次是处理日常事务，第三次是在夜里或下午。会议不仅讨论宗教问题，而且还商议政府政策和公务。还专用一天处理司法案件。所有关于任命、征税的命令以及扎吉尔和王公、总督、地万的奏疏都由皇帝亲自裁决。即使皇帝出巡，也要保持处理日常规定的政务。
第三，实行宽容的宗教政策。鉴于德里苏丹国采取单纯武力征服印度教徒导致最后灭亡的教训，阿克巴把调和印度教徒与伊斯兰教徒之间的民族、宗教和阶级矛盾作为基本国策，实行“普遍宽容”的宗教政策。阿克巴倡导印度各宗教一律平等，各奉其事，消除相互间的对立。规定印度教、琐罗亚斯德教和基督教按各自的教规进行宗教活动，修建宙宇教堂，允许原强迫改宗伊斯兰教的人可恢复原来的信仰。印度教徒可在政府和军队中担任要职。在法特普尔·西克里城修建一座礼拜堂，挑选各宗教的学者举行宗教学术自由辩论。
1582年，阿克巴创立一种叫“丁-伊-伊拉黑”的宗教（意为‘’神圣宗教‘’）。主要教义是：一神论，阿克巴为最高僧侣；不食肉，对一切人行“善”；崇拜太阳等。它揉合了伊斯兰教、印度教、基督教和拜火教一些内容。然而这不是一种群众性宗教，教徒是精心挑选的，据说包括阿克巴在内仅18名。宽容的宗教政策使阿克巴政权得到大多数印度教徒的支持，并促进了印度各种文化的融合。实行伊斯兰教法和世俗法相结合的制度，规定司法系统独立，中央大法官任命各省法官。凡死刑判决必须由皇帝批准，案件断决必须重证据，禁止官员徇私枉法。宣布自己为伊斯兰教法的最高解释者。
第四，改革诸多陋习。他注意印度教的社会陋习，下令允许寡妇改嫁、废除“萨提”（寡妇殉葬）制度，禁止童婚、大办嫁妆，提倡男女婚姻自主，近亲不宜结婚，倡导一夫一妻制。
第五，推进文化教育发展。阿克巴提倡和赞助学术研究，宫廷学者荟萃，文化教育事业得到发展，建筑、文学、音乐、绘画都有很大的发展。阿克巴时期，帝国的文化也得到了很大的发展，阿克巴和前几位皇帝一样，大力支持发展波斯文化，波斯语成为国家的雅语，是当时宫廷常用的语言，波斯服饰和波斯礼仪也在当时风靡一时。在阿克巴的推崇下，波斯文学得到了较大的发展，诗人菲济和他的弟弟史学家阿布勒都是当时的杰出代表。阿克巴还鼓励把印度教经典翻译成波斯语。除了波斯文学之外，印地语文学也有很大的发展，其中最杰出的代表也是最伟大的印地语诗人图尔西达斯，把古典文学《罗摩衍那》翻译成印地语，用印地语讲述了古老的神话。当代在北印度正是通过图尔西达斯的诗篇，罗摩的故事才广为流传。
音乐在这个时期也得到了发展，印度音乐和伊斯兰音乐有很大的融合，同时印度音乐的发展也达到了鼎盛，在宫廷风靡一时，其中最杰出的声乐家、乐器家坦森被后人称为“印度音乐之父”。与音乐随之相伴的舞蹈，印度古典舞蹈之一卡塔克舞也得到了发展，曾在宫廷流行一时。
阿克巴在绘画事业发展上也有贡献，他下令修建画院，多次聘请波斯绘画大师来画院讲学，在波斯文化和印度文化的相互结合下，莫卧儿画派诞生了，莫卧儿绘画也是印度教文化和伊斯兰文化所结合诞生的，其中最具代表的绘画作品的就是《阿克巴传》。
五、内乱去世
晚年的阿克巴继续向德干高原扩张帝国势力。1591年，阿克巴派四个使臣出使坎德什、阿德纳伽尔等几个德干苏丹王国。坎德什王公慑于莫卧儿力量而投降。阿马德纳伽尔等则顽强抵抗。1592年，阿克巴征服逃到奥利萨的阿富汗人残部。此时，阿克巴不仅恢复了巴布尔时代帝国的疆界，还把统治扩张到西印度。
1595年，阿克巴派次子穆拉德围攻阿马德纳伽尔，未能攻下该城。1599年，阿克巴向德干进军，阿马德纳伽尔守军杀了苏丹王，献城乞降。接着，又包围坎德什王公继承者防守的阿西尔伽尔城堡，1601年攻陷该城。这时，他留在北方的儿子萨利姆，在伊斯兰贵族唆使下，趁阿克巴南征之际，在阿拉哈巴德组织一个新朝廷，并以皇帝的名义发布诏谕。阿克巴急忙赶回印度斯坦。回来后，在阿格拉修建凯旋门，以纪念征服德干的胜利。
1603年，阿克巴与萨利姆和解，萨利姆受封在比哈尔·奥利萨地方，但在那里仍继续闹独立。阿克巴决定废除萨利姆的王位继承人的权利。1604年，阿克巴生病，宫廷内围绕继承人问题斗争激烈。由于大多数贵族支持萨利姆继承王位，阿克巴不得不让步。1605年10月27日，阿克巴卒于阿格拉。萨利姆王子即位，称贾汗吉尔。
阿克巴去世后被葬在锡坎德拉。陵墓相互匀称，是典型的莫卧儿风格建筑，后来他的儿子贾汗吉尔又在锡坎德拉又立了一座尖塔。可以说阿克巴奠定了莫卧儿帝国在17世纪的辉煌，他死后，帝国并没有因此而衰落，他的事业仍被贾汗吉尔和沙贾汗所继承。
六、人物评价
阿克巴是莫卧儿帝国的真正奠基人，他是整顿、治理和改革印度政治、经济、军事、宗教和文化艺术的伟大政治家。在其统治下，印度达到空前的统一和繁荣。史学家誉他为“阿克巴大帝”，“伊斯兰东方最贤明、正义的伟大君主”。
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