所占城池仅有北平、保定、永平三地，但是建文帝这边也不好过。内战打了三年，双方兵员都已枯竭，建文帝只能把京城守军也派上战场。
然而这个消息很快就被内官传递到了朱棣那里，朱棣直奔南京而去，不要贪恋沿途的城池，只要攻陷了南京，其他地方都可以传檄而定。
这样极限一换一的战术看起来风险极大，然而并非全无声息。在灵璧之战中朱棣击溃了南军，俘获了南军诸多将领，朝廷至此再无一战之力。
1402年6月，燕军兵临南京城下，曹国公李景隆和谷王朱橞打开金川门，迎接燕王入城。建文帝消失于一片火海之中。
朱棣登基后论功行赏，封姚广孝为僧录司左善世，不久又晋升为太子少师，并让他还俗，赐名广孝。姚广孝虽未亲自上战场，但是通过为燕王出谋划策，使朱棣能以一隅之地夺取天下，被人称为黑衣宰相。
姚广孝在功成名就之后依然待在佛寺之中，朱棣让他还俗，他不肯，赏赐的金银财宝也被姚广孝分给同乡和亲人，然而他的亲人却并不买账。在姚广孝回乡时，姐姐闭门不见，有哀叹着说：“和尚，勿以富贵归故乡。”
但这并不让姚广孝感到后悔。他的一生所求就是为了辅佐明主做出一番事业，即使功成名就，他也在永乐一朝有着举足轻重的影响。
朱棣有什么大事都会找他商量。此外，姚广孝作为僧侣却参与主修了《明太祖实录》以及《永乐大典》，这在明朝是破天荒的一件事。在朱棣北征时，由姚广孝辅佐太子留守南京，教授皇太孙朱瞻基读书。
1418年，姚广孝在BJ庆寿寺病逝，享年84岁，被追赠荣国公。
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