归降之后，他先后担任长江水师大都督、江南水师提督等重要职务。在任职期间，他兢兢业业，表现出色。
无论是训练水师，还是运送军粮，亦或是巡查海域等诸多重要任务，他都从未出现过任何差错，以其丰富的经验和严谨的态度赢得了众人的尊重和信任。
施琅虽然也曾先后担任江南水师参将、长江水师都督、江南水师提督、登莱水师提督等职务，但其所立的功劳，无非是运送军粮、训练水师、运送军队前往辽东等常规事务。
最为关键的是，施琅此时年龄尚轻，才仅仅三十一岁。
在众人眼中，这个年纪在如此重要的职位竞争中，相对而言显得经验不足，难以服众。
巩永固担心黄蜚、洪亮二人因资历或其他原因而不服从施琅的指挥，从而影响整个水师的协作与作战效率。
经过一番深思熟虑，巩永固决定授予施琅象征着无上权威的尚方宝剑，郑重地告知施琅：“凡在水师事务中，有不听从你指挥者，你可先斩后奏，不必有丝毫犹豫。”
施琅听闻此言，心中既感到重任在肩的压力，又充满了被信任的感激。
他诚惶诚恐，俯伏于地，声音坚定而颤抖地说道：“末将定当不辱使命，若有差池，愿以死谢罪！”
巩永固上前搀扶起施琅，道：“朕用人不疑，疑人不用。施将军要留珍惜有用之身，莫要轻言生死！”
随即，巩永固回到主位道：“诸位将军，如今前明余孽起兵造反，所恃者唯水师耳。此次朕随军南下，正要看各位大显身手！”
“若能一战而下，朕一定不吝惜爵位封赏！”
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