穆萨统治时期，继续大力推行伊斯兰教法统治，在王朝各地普遍设立宗教法庭，建立清真寺、经文学校和麻扎，今喀什皇家经学院的遗址还为当地人所共知。
十世纪末，穆萨之子哈仑驻喀什噶尔，此时的喀喇汗王朝经过几十年的经营，实力大为增强，
而萨曼王朝由于统治阶级争权夺利而逐渐趋于削弱，
在这种有利条件下，哈仑率领15万大军进军河中地区，喀喇汗军队所向披靡，于992年攻陷其都城布哈拉。
不久，哈仑身染重病，锡尔河下游的土克曼人向喀喇汗王朝的军队进攻，
于是他决定撤军，死于返回八剌沙衮的途中。
喀喇汗王朝的继承人阿尔斯，继续征服河中地区的事业。
公元999年，他联合今阿富汗境内的另一突厥王朝——加兹尼王朝（962～1186）的君主马赫穆德共灭萨曼王朝，俘虏皇帝马利克二世，
从此喀喇汗王朝据有阿姆河以北中亚地区。
之后，他以圣战为名，开始对西域的于阗王国，发起了圣战，史称喀喇汗于阗战争。
于阗王国位于喀喇汗汗国的东部，
是当时一个较为强大的佛教国家。
喀喇汗王朝对于阗用兵，以圣战为号召，得到了西亚穆斯林的大力支援。
而于阗王国除了得到高昌回鹘、大唐归义军、甘州回鹘等的支援外，基本上处于孤立地位。
虽然得到支援，但是喀喇汗王朝对于阗的用兵并不十分顺利。
战争初期，于阗方面占据优势，
双方在今喀什、英吉沙、莎车三地之间展开激战。
公元970年前不久，于阗王尉迟输罗，即李从德，率军进占喀什噶尔地区的数座城池，取得大胜，战利品中除妇孺金帛外，还有大象等战利品，
并且在公元993年和公元998年，
于阗军趁喀喇汗军队主力进攻波斯的机会，大举围攻喀什噶尔。
虽然这两场战役最终以于阗军惨败告终，
但他们也于公元998年，在西域的英吉沙附近击毙了哈仑的王弟。
在消灭萨曼王朝之后，喀喇汗王朝对于阗国及其盟友高昌回鹘、大唐归义军、甘州回鹘的用兵坚持不懈，
公元999年，来自布哈拉的四位伊玛目，率领从加兹尼、巴格达、花拉子模等地招募而来的志愿军，配合优素福·卡迪尔汗所率领的喀喇汗主力，
在当年年底一举攻克于阗城，迫使于阗王率领残余部队退至昆仑山区，
虽然喀喇汗军在策勒波斯坦乡曾经遭受到于阗、高昌回鹘、大唐归义军、甘州回鹘四部西域联军的合围而大败，
但仍在公元1004年后，不久，时为大汗的优素福（阿尔斯曼之子）灭西域的于阗、高昌回鹘、大唐归义军、甘州回鹘四部。
战争历时40年，
喀喇汗王朝，彻底统一了整个西域地区，
加上阿姆河以北得中亚地区，
喀喇汗王朝疆域达到极盛，成为了当时中亚的霸主。
正因为有西域在手，当时的喀喇汗王朝，彻底垄断了东方到西方的陆上丝绸之路，强盛一时。
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