玉素甫在公元1205年，死于喀什噶尔，其子穆罕默德继位。
在穆罕默德统治时期，宗主国西辽王朝政局已很不稳定，
附庸国或独立，或转投成吉思汗。
穆罕默德汗被西辽王朝囚禁于八剌沙衮。
之后西辽，放穆罕默德汗回喀什噶尔，但是喀什噶尔贵族们并不欢迎穆罕默德汗，当他入城时被刺死于城门中，东喀喇汗王朝灭亡。
而西辽王朝归并河中地区后，封伊卜拉欣为桃花石汗，作为自己的附庸。
在他统治时期，西喀喇汗王朝与葛逻禄军事首领之间继续斗争。
公元1156年，桃花石汗伊卜拉欣与葛逻禄军事首领艾亚尔伯克在饥饿草原会战，战败被俘遭杀，暴尸于草原。
继位的是阿里，称恰格雷汗。
从此西喀喇汗王朝的统治权又转回哈桑系手中。
阿里是东喀喇汗王朝的乌兹干领主。
恰格雷汗阿里于公元1158年，杀死葛逻禄大首领比古汗，
比古汗的儿子们逃往花剌子模。
花剌子模沙鼓动并支持流亡的葛逻禄人进犯河中地区。
最后，经宗教界人士调解，双方订立和约。
西辽王朝认为携带武器的葛逻禄人始终是河中地区不安定的因素，决心予以彻底铲除。
公元1164年，西辽承天太后普速完，命令西喀喇汗王朝把布哈拉和撒马尔罕地区的葛逻禄人迁往喀什噶尔地区，他们到那里后不准再携带武器，要从事农业或其它劳动。
此举引起葛逻禄人暴动，他们联合起来，向布哈拉进军。
布哈拉地方长官用谈判稳住葛逻禄人，使他们失去警惕。
喀喇汗王朝的军队突然到达，葛逻禄人措手不及，遭到毁灭性的打击。
从此，葛逻禄人在河中地区的势力衰落，之后没有同喀喇汗王朝发生大的冲突。
此后西喀喇汗王朝汗位更替频繁，
13世纪初，末代君主奥斯曼即位时，汗权已经十分衰弱了。
公元1206年，布哈拉城爆发了手工业者桑贾尔领导的反对宗教封建主的市民起义，给教团势力以沉重打击。
原本臣属于西辽的花剌子模国王摩诃末，早已对河中地区虎视耽耽，一直在寻找时机。
他认为桑贾尔起义是征服这一地区的最好时机，
于是率领大军直取布哈拉。摩诃末很快攻下了布哈拉，把桑贾尔投入河中淹死，残酷地镇压了这次人民起义。
摩诃末为了“和平”占有整个河中地区，便暂时与西喀喇汗王朝结成同盟。
此举遭到西辽的强烈反对，出兵打败了花剌子模与西喀喇汗王朝的联军。
摩诃末逃回花剌子模后，西喀喇汗王朝首领奥斯曼又转向西辽王朝，并向西辽末代皇帝直鲁古的女儿求婚，但遭到拒绝。
奥斯曼受辱后又转向花剌子模国方面，并承认花剌子模国国王摩诃末，为自己的宗主国。
这引起西辽王朝的再次出兵，攻占了撤马尔罕。
但是此时西辽的东部发生了比这更为严重的叛乱——乃蛮王子屈出律起兵骚扰各地，
西辽末代皇帝直鲁古，不得不从中亚的撒马尔罕撤兵，返回东部。
花剌子模国王摩诃末，利用这一时机，再次率军进入河中地区，在奥斯曼人民的欢迎下进驻撒马尔罕。
成为花剌子模的属国后，奥斯曼处于花剌子模驻撒马尔罕总督的有力控制之下，完全失去自由。
西喀喇汗王朝人民则遭受到更为残酷的剥削。
公元1212年，河中地区的人民不满花剌子模王朝的盘剥，举行起义，奥斯曼汗支持这一行动。
花剌子模国王摩诃末，率军镇压，攻破撒马尔罕城，处死奥斯曼汗，西喀喇汗王朝灭亡。
同一年，
公元1211年，东部西域地区的乃蛮王子屈出律，取代西辽末帝直鲁古的统治，
西辽走向衰落，最终被屈出律篡国。
公元1218年，西辽篡国的屈出律被大蒙古国所灭，西辽灭亡。
西域，中亚、西亚、甚至东欧之地，开始被大蒙古帝国所占有和统治！
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