费迪南德首先将纳瓦尔并入阿拉贡统治，但在卡斯蒂利亚贵族的压力下，后来又并入卡斯蒂利亚。
圣联盟在意大利也取得了一些的成功，驱逐了法国人，恢复了米兰的斯福尔扎公爵（Sforza dukes），并于1513年签署和平条约。
然则，法国在两年后成功重新夺回米兰。
费迪南德于1516年1月23日在卡斯蒂利亚和莱昂王国的马德里哈雷霍（Madrigalejo）去世。
他被安葬在格拉纳达的皇家教堂（Capilla Real），他的妻子伊莎贝拉、女儿乔安娜和女婿菲利普也安息在此。
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遗产与继承。
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在费迪南德和伊莎贝拉统治期间，西班牙通过婚姻与葡萄牙、哈布斯堡的奥地利和勃艮第寻求联盟。
他们的长女伊莎贝拉嫁给了葡萄牙的曼努埃尔一世，他们的长子霍安与奥地利的玛格丽特结婚。
然而，这些子女的去世，以及伊莎贝拉的去世，改变了继承计划，迫使费迪南德将卡斯蒂利亚的政府让给霍布斯堡家族的菲利普，即他的次女乔安娜的丈夫。
在1502年，阿拉贡国会的成员在萨拉戈萨聚集，瓦伦西亚王国和加泰罗尼亚公国的议会在巴塞罗那也宣誓效忠于他们的女儿乔安娜作为继承人，但萨拉戈萨的大主教阿隆索·德·阿拉贡坚决表示这项誓言无效，并没有改变继承法，只有通过国会和国王的正式立法才能改变。
因此，当费迪南德于1516年1月23日去世时，他的女儿乔安娜继承了阿拉贡王冠，而他的孙子查理成为总督（摄政）。
然而，弗拉芒人希望查理能继承王室头衔，这得到了他的外祖父神圣罗马皇帝马克西米利安一世和教皇利奥十世的支持。
因此，在费迪南德二世于1516年3月14日的葬礼后，查理一世被宣布为卡斯蒂利亚和阿拉贡的国王，与他的母亲共同统治。
后续历史在前文查理五世中有说明。
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伊莎贝拉和费迪南德的历史说完了。
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