万历29年，努尔哈赤以牛录额真、甲喇额真、昂邦章京、梅勒章京、固山额真为首领，建立八旗制度。初设正黄、正白、正红、正蓝四旗。万历43年增设镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗。
努尔哈赤设议政王大臣，与八旗旗主共议朝政，并创制满文。
八旗的最小单位是牛录，一个牛录300人，设牛录额真一人。五个牛录为一甲喇，设甲喇额真一人。五个甲喇为一固山，设固山额真一人，副职一人，称为左右梅勒章京。
牛录额真又称是一个牛录的长官。甲喇额真相当于大明的参将、游击。固山额真为一旗最高长官。梅勒章京为副将。昂邦章京为镇守一方最高官员，等同大明的总兵。1634年后除固山额真外，皆称章京。
八旗由汗王、诸王、贝勒控制，旗制终清未改。八旗入关前，正黄、镶黄两旗由汗王直接统领，其它六旗分别由汗王的子侄统领。多尔衮死后，多尔衮所辖的正白旗归皇帝统领，形成了上三旗与下五旗。满清
女真实行八旗制后，丁壮战时皆兵，平时皆民，军队的战斗力得以飞速提升。
八旗源于女真的狩猎组织，是女真的社会生活军事组织形式，也是女真的根本制度。八旗制度与女真政权相始相终，成也八旗，亡也八旗。
蒙古八旗于崇祯8年正式建立，汉军八旗于崇祯15年正式建立。至此八旗的制度臻于完善。
女真八旗、蒙古八旗、汉军八旗构成八旗军的整体，皆以兵籍编制。
八旗入关时，女真八旗牛录308个，蒙古八旗牛录129个，汉军八旗牛录167个，一共604个牛录，20万人不到。
万历46年，努尔哈赤以“七大恨”誓师反明。
万历47年，在萨尔浒之战中，努尔哈赤大败明军，进入辽河流域。萨尔浒之战结束后，努尔哈赤从赫图阿拉城迁都界藩城。泰昌元年又迁都萨尔浒城。
在相继攻克沈阳、辽阳和辽河以东七十余城后，1621年4月迁都辽阳，1625年迁都沈阳。
1626年，68岁的努尔哈赤挥军进攻宁远，为袁崇焕所败，不久病死。
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