五城兵马司和巡捕营经过整肃，花名册编制约2万人，实际人数约1万人。按照军队整肃整编整训条例，约5000名违法犯罪人员被严厉惩处，以五城兵马司提督张兆圣、巡捕营参将孙文亮、崔继光、黄涪为首的约2000人被判处绞刑。
这些人官不大，胆子大，对普通老百姓敲诈勒索、巧取豪夺、栽赃嫁祸、草菅人命，让很多老百姓卖儿卖女、家破人亡。
这些基层小官酷吏的违法犯罪行为，严重败坏了朝廷的形象。让普通老百姓直接体会到社会的黑暗，催生了对朝廷、对皇帝的仇恨，不杀不足以平民愤。对于五城兵马司和巡捕营的违法犯罪人员，从重从严处理，可杀可不杀的坚决杀。
通过五城兵马司和巡捕营的整肃，抄没家产现银约250万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约120万银元，土地约50万亩。
上直25卫、五军都督府在京37卫和昌平通州团练经过整肃，花名册编制约34万人，实际人数约17万人。
按照军队整肃整编整训条例，约8500名违法犯罪人员被严厉惩处，其中金吾卫守备胡楫、忠顺营游击平四知、通州卫游击杨应瑞、游击马旷、汪登瑞、汪沽恩等约850人被判处绞刑。
抄没家产现银约400万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约200万银元，土地约85万亩。
五军都督府和京营经过整肃，花名册编制约18万人，实际人数约9万人。
按照军队整肃整编整训条例，约4500名违法犯罪人员被严厉惩处。泰宁侯陈良弼、武安侯郑惟孝、丰城侯李承祚、崇信伯费天泽、襄城伯李守锜、遂安伯陈玮、宁晋伯刘天锡、武进伯朱自洪、广宁伯刘嗣爵、彭城伯张嘉猷、南和伯方一元、成安伯郭祚永、靖远伯王永恩、南宁伯毛茂龙、丰润伯曹匡治以及京营参将游击千户杨愈懋、郑登云、王继、孙应奎、徐镇都、杨茂都、陈正论、周复元、薛永寿、谢弘仪、郭威振、沈勋、郭钦、金汝佐、许世臣、张雄任、薛来胤、梁甫、王问、陈有继，薛永寿、游击徐镇都、张雄任等约450名官兵被判处绞刑。
抄没家产现银约1700万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约800万银元，土地约60万亩。勋贵们贡献了绝大部分。
边军密云镇、昌平镇经过整肃，花名册编制约人，实际人数约4万人。
按照军队整肃整编整训条列，约4000名违法犯罪人员被严厉惩处，昌平镇总兵达奇勋、副总兵白慎修、游击周尚斌、袁勋、孟吉、张万寿、李同春、张鸿功，密云游击白应、马载道、袁应毂等约400人被判处绞刑。
抄没家产现银约200万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约100万银元，土地约40万亩。
天津海防营、天津团练和援辽驻军经过整肃，花名册编制约人，实际人数约人。
按照军队整肃整编整训条例，约1500名违法犯罪人员被严厉惩处，天津总兵王学书、天津兵备贾之凤、海防游击刘毓俊、苑攀龙、胡应武、援辽军南京京营游击张超、张茂勋等约150人被判处绞刑。
抄没家产现银约30万银元，房产、珠宝、古玩字画等资产价值约15万银元，土地约7万亩。
顺天巡抚李瑾、通州巡抚王国祯、顺天府尹陈大道、府丞邵辅忠、刘蔚于等官员被秘密控制。
四卫营、勇士营、锦衣卫、东厂、五城兵马司、巡捕营、上直25卫、五军都督府在京37卫、昌平通州团练、京师三大营、密云镇、昌平镇、天津海防营、天津团练和援辽驻军花名册编制总计约68万人，实际人数约36万人，其中约人涉及违法犯罪。
不仅吃空饷情况严重，违法犯罪率也非常高。如此军队怎能打胜仗。
按照军队整肃整编整训条例，四卫营、勇士营、五城兵马司、巡捕营、上直25卫、五军都督府在京37卫、京师三大营、密云镇、昌平镇、天津海防营、天津团练和援辽驻军裁撤编制。军产军资由皇家卫队接管，被挪用侵吞的军产军资进行追讨。
剩下约31万人，其中约9万老弱病残以及不愿意继续从军的官兵，发放退伍费遣返原籍或就地安置为民。
甑选整编3个师名青壮，进行为期半年的封闭军事训练和文化学习。其它约18万人整编为工程部队加入中华建筑民工大军。
通过京城军队的整肃，天津海防游击贺虎臣、昌平镇游击汤九州、京营参将孙应元、游击周遇吉、贺珍、徐文朴、姜应魁，以及毛维张、任之华、王忠、李忠、杨二虎、乙邦才、马应魁、庄子固、楼挺、江云龙、李豫、陶国祚、许谨、冯国用、陈光玉、李隆、徐纯仁、李大忠、孙开忠、解学曾、高其勋、陈正、王承宪、翁之琪、朱旻如、刘世勋、鲁之玙等一大批为大明尽忠殉国的忠臣良将被发现，这些人才全部送入皇家军事大学进行半年的封闭进修学习。
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