收服河套、征服蒙古也是朱由校最基本的使命。
装备跨时代热兵器的皇家卫队征服蒙古难度不大，但征服蒙古后，如何从根本上解决千百年来，北方游牧民族对华夏的威胁侵扰，才是最大的难题。
朱由校与皇家卫队总参谋部针对鄂尔多斯部的入侵，制定了诱敌深入，关门打狗，全歼入侵之敌的作战方案，作战方案命名为对蒙自卫反击战。
全歼入侵之敌只是完成自卫目的，对于胆敢入侵大明的蒙古部落，必须给予严厉的惩罚，以儆效尤。人不犯我我不犯人，人若犯我，必十倍还之。
鄂尔多斯部与土默特部狼狈为奸，牵一发动全身，打击鄂尔多斯部的同时，趁势攻打归化城的西土默特部。
为防止青海土默特部分部救援，青海土默特分部一并解决。青海地区藏族部落众多，为配合征服青海，康巴藏区一并征服。
对蒙自卫反击战升级为三大军区联合作战的大战役，不仅为三大军区的未来战略布局，也为了这些地区的矿产资源。通过此战，检验皇家卫队的战斗力。
北方军区战略目标收复河套平原以及阴山山脉，将北方防线全面北移。打通从九原城经白云鄂博、库伦至贝加尔湖地区约1500公里的交通线，切断漠西蒙古与漠北蒙古、漠南蒙古的联系，将蒙古三部分割为东蒙古和西蒙古。
华西军区战略目标向北收复阿拉善高原、额吉纳旗、居延海、洪果尔山、贺兰山地区，向南收复青海地区，兵锋进抵西域、青藏高原。
自从华西军区成立后，严密封锁河西走廊，青海蒙古土默特部和漠南蒙古的联系早已经被隔绝。
西南军区战略目标收复康巴藏区，兵锋进抵青藏高原。
康巴藏区在中国西南边疆具有重要的战略地位，历史上有治藏必先安康的古训。康巴历史和文化是藏族历史和文化的重要组成部分。
夏贡拉山位于西藏昌都，藏语意为东边的雪山，海拔5298米，自古便是“进藏第一山”、“川藏第一险”，成为康藏天然分界处 。
打箭炉古为羌地，三国蜀汉始称打箭炉。夏贡拉山以东为康，取康地安定之意，得名康定。满清时期改为康定府。民国时期成为西康省省会。解放后为甘孜州首府。
天启年间的康巴藏区有白利土司、德格、甘孜、邓柯、白玉、石渠、马尔康等藏族部落，最大的势力为白利土司屯月多吉。
大明内部还有很多问题需要处理，工业基础水平，经济钱粮，武器装备生产供应，特别是后勤保障不能够支持彻底征服蒙古高原、青藏高原、西域。
通过此战，打通通往中西伯利亚贝加尔湖地区的交通线，打通通往西藏、西域的交通线，震慑蒙古诸部，获得暂时的和平。
大明抓住此战略发展机遇，加速处理内部矛盾，发展工业、发展经济、发展军工，提高后勤保障水平，将大明的战争潜力提升到新高度。
随着皇家卫队总参谋部的一声令下，北方军区、华西军区、西南军区三大战争机器迅速的运转起来。
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