话说有一年，整个福建都发生了大瘟疫，林默娘的母亲王氏在这场瘟疫中死去。
林默来听说在湄洲岛的南面有个无人居住的荒岛，这个荒岛有很多毒蛇猛兽和妖怪，所以人们称呼为魔岛。
而在这个魔岛上，有一座山洞，据说这个山洞是太上老君的葫芦所化，山洞里有千年的钟乳石水，这个这个水能治疗这个瘟疫。
魔岛由嘉应、嘉佑两兄弟的养的两个大蛇精看管着。
林默娘元神出窍飞到魔岛，与两个大蛇怪斗起来，用银镯子法器敲击两个大蛇精，然后用铜符把两个大蟒蛇打得脑浆迸裂。
林默娘除掉这两个蛇妖，然后入了魔岛的山洞里，用施法的瓶子把治疗瘟疫的圣水装了进去，然后飞到天空，施法把圣水融入天空的云层里，然后施法下雨，解除了这场瘟疫灾难。
林默娘已过及笄之年，父亲想着让她嫁人，但是她立志终身不嫁，决定一心向善，奉献一生于救助海上的生命。
林默娘二十一岁那年，莆田遇上了百年未见的大旱。当地河流干涸了，树木大多枯萎，田里的禾苗都枯焦了，黎民百姓叫苦连天。
城内的父老乡亲纷纷到县衙，请求县尹大人方市琪亲自前往湄洲，求林默娘设坛祈雨。
这个县尹方市琪，平素就贪婪歹毒，百姓对其怨声载道。
方市琪本来就不愿意降低自己身份去请求一个渔家女，但是怕旱情严重，若是百姓因此陷于绝境，发生了变乱，或者因此上告朝廷，朝廷怪罪下来，自己的官职就不保了。县尹大人方市琪迫于无奈，只好带上了几个跟班，冒着酷暑的天气，来到了湄洲。
县尹方市琪见过林默娘，说明了自己的来意，求她尽力施法，祈雨解除干旱。
林默娘问县尹方市琪，说道：“请问大人，你可知道这大旱之灾缘何而来？”
县尹方市琪答道：“自然是上天作孽。”
林默娘说道：“天道无情，不偏不私，若无因果，何来如此？”
林默娘又问道：“大人既然说是上天所为，为什么不扪心自问一下，自己做过了什么？自己不应该自责反省吗？”
县尹方市琪听见林默娘这番话，心虚得很，顿时涨红了脸，却还是喙硬狡辩道：“这………这与本官有甚干系？”
林默娘徐徐说道：“恕小女子言重了。县尹大人任职期间，积案如山，赋税加倍，奸人舞弊，百姓水深火热，当地生灵涂炭，早已激怒上苍。因此，天以旱象示儆吾郡，告诫于你。你身为父母官，敢说无甚干系吗？”
林默娘的这番话有如刀剑一般犀利尖锐，当着众人的面揭露县尹不堪的”疮疤”，旁边的人都为林默娘捏一把汗。
县尹方市琪见状，那是又羞又怒，但是又不敢现场发作出来，只好嘿嘿一笑掩盖尴尬，解释道：“三年干旱不解，百姓难过，朝廷也难过，本官的俸银也是降低了许多的。天气干旱，苦的是我们莆田百姓。神姑，今日你愿不愿设坛祈雨？”
林默娘闻言，心想：为了一郡百姓，何必与这个官员置气呢？还是祈雨救民，解除危难为是。只是不能要降一下这个县大人的脾气，让他以后不要过度嚣张，肆意妄为。
于是，林默娘回答道：“凭民女法力，求告天地，旱灾是可以指日可解的。但是也是需要大人须依允一事，方能祷告天公有验。”
县尹闻言，问道：“神姑要本官办什么？说吧。”
林默娘徐徐说道：“大人须素衣斋戒三日，并且向上天表示悔过，自从不再做违法乱纪之事，三日后的申时，莆田郡内必定普降喜雨。”
县尹方市琪闻言，说：“那就依你所言。但本官有言在先，当时若不应验，可别怪本官依法处置你，若不灵验，本官把你林默娘活活烧死，用来祭天······”
县尹依林默娘的话，穿上素衣，斋戒三日，并且跪在地上，面对苍天，以示自己诚心悔过。
林默娘登上湄峰，焚香设坛，告祭上天，三日三夜，念诵不绝。
到了三日之后的午时，天空依然烈日高悬，没有一丝云彩。
那县尹方市琪抬头看了看天空，心里暗想：这时辰快到了，却连一块都看不见，哪里还谈什么喜雨？
县尹方市琪于是怒冲冲地带着几个跟班，赶到祭坛之前，斥责林默娘，道：“今日本官倒要看看神姑的法力，若不灵验，非治你的罪不可。”
林默娘神情自若地回答道：“申时不见雨，愿以身抵罪。但是大人可要虔诚才是，大人若不诚心悔改，也别怨恨天公不灵。”
县尹连忙对众人说：“诸位可听清了，神姑说，到时候申时要是不见雨，她愿以身抵罪。到那时候，就休怪本官无情了。”
话音刚落，天空突然乌云骤起，把烈烈如火的太阳遮没了起来。
霎时间，狂风大作，电闪雷鸣，大雨倾落。
从申时到午夜，枯萎的树木得到雨水滋润，蔫倒的禾苗也复苏起来，旱情得到了解除。
这一年秋天，莆田五谷丰登，郡内百姓欣喜若狂，各村连日表演戏剧，锣鼓喧天。
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