【清顺治三年、南明隆武二年（公元 1646 年）二月十九日，多罗贝勒博洛被清廷任命为征南大将军，与额山固真图赖一起率领满洲八旗军自北京南下。他们抵达南京后，与约一万两千人的汉军八旗会合。
在此之前，鲁监国已经意识到了清军即将发起进攻，于是决定先下手为强，以攻代守。他派遣了一支精锐的水师部队，由王之仁率领，向杭州发起了反攻。这一行动让清军措手不及，也展现出了鲁监国的果断和勇敢。
王之仁，直隶保定人，崇祯年间官至浙江总兵。弘光皇帝赐其镇倭将军印，部下官兵达 人，他算是有实力的将领。
弘光与潞王政权覆灭后，王之仁向清朝贝勒博洛呈交了降表。随着剃发令一出，王之仁及其部下官兵再一次起义归明。王之仁举义后，浙东的反清之势迅猛发展。拒绝投降清朝的石浦参将张名振、占据舟山的副总兵黄斌卿以及总兵方国安等，皆领兵前来结盟。
鲁监国元年（公元 1646 年）三月，王之仁率领着大明水师，士气高昂地从钱塘扬帆起航。他们的战船如箭一般冲向敌军，与清军展开了激烈的海战。王之仁身先士卒，奋勇杀敌，他的士兵们也都勇猛无比，毫不畏惧。经过一番激战，明军终于取得了胜利，大败清军。
这场战役的胜利，让王之仁的军队信心倍增。他们乘胜追击，包围了杭州城。然而，由于杭州城墙坚固，城内防守严密，王之仁最终未能攻克城池。只能带领军队撤回了钱塘江南岸，继续加强防御工事，准备迎接清军的下一轮攻击。
五月二十日，清征南大将军贝勒博洛率部抵抗州，五天后，这支大军对鲁监国政权发起了攻击。
此次进攻，清军兵分两路。一路由陆军组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线强渡江水。由于江水较浅，水深不及马腹，清军得以顺利过江，并迅速展开大规模攻势。另一路则由水师组成，从鳖子门沿海发起进攻。
事实上，鲁监国政权的军事实力并不弱小。当满清征南大将军博洛于五月十五日抵达杭州时，他远望钱塘江对岸的南明军队，发现其营帐在钱塘江东岸绵延两百余里。这一景象充分展示了鲁监国麾下拥有众多的官兵。
然而，鲁监国的军队却呈现出一种复杂的局面：不仅数量庞大，而且混乱无序。这意味着虽然鲁王拥有众多的军队，但这些军队的素质良莠不齐，缺乏一个统一有效的指挥体系。因此，这支军队实际上只是一群乌合之众，完全没有能力与强大的清军进行正面对决。除了那两万余名主力部队外，其余的都是新近招募而来的新兵，战斗力极为有限。
与此同时，上天似乎也不眷顾南明。原本应该是夏季多雨的钱塘江地区，由于受到小冰河气候的影响，竟然遭遇了罕见的干旱天气。这使得作为天险的钱塘江失去了其原有的作用，鲁监国政权的战船被迫搁浅在岸边。而清军则趁机骑着马轻松地渡过河流。
曾经活跃的越国公方国安如今陷入绝境，他的表现令人失望。当清军渡过钱塘江时，他惊慌失措，只能四处逃窜。钱塘江的守军看到清军渡江后，士气低落，毫无抵抗之力。方国安见状，愤怒不已，扬言要杀光士兵们留在船上的妻子和孩子。这个威胁引发了恐慌，惊恐万分的官兵们纷纷驾驶船只逃离战场，导致整个防线崩溃。最后，方国安无奈之下，只好带着侄子方元科及少量部众仓皇出逃。
在公元1647年（顺治四年）的六月初一这天，清军一路追杀方国安，直到追到了蒿坝这个地方。此时，方国安的侄子方元科挺身而出，带领着一支军队留下来断后，与清军展开了激烈的战斗。他们成功地将清军击退，但不幸的是，这只是一场短暂的胜利。
四天后的初四，方国安的残兵败将逃到了黄岩。而清军则紧追不舍，迅速截断了方部明军的退路。面对这种绝境，方元科想要杀尽将士们的妻妾，然后与清军决一死战。然而，早已失去斗志的越国公方国安却阻止了他侄子的疯狂举动，并决定率领残部向清军投降。
方元科等将领见大势已去，无奈之下只能选择跟随方氏叔侄一同投降。这次投降的规模相当庞大，其中包括总兵、副总兵数十人，还有五百名骑兵以及七千多名步兵。这些降军后来被清政府改编成了绿营兵。
清军统帅博洛亲自坐镇指挥，率领满、汉大军马不停蹄地从绍兴赶往金华，并迅速将金华城严密包围起来。面对气势汹汹的敌人，城内的明军并没有退缩，他们在朱大典的指挥下顽强抵抗。而博洛见久攻不下，便急调杭州的红衣大炮前来助战，这些火炮开始猛烈轰击金华城墙。
在清军拥有绝对优势的兵力压制之下，金华城仍然坚持了二十多天之久。然而，尽管守城军民奋勇抵抗，但在敌我力量悬殊的情况下，这样的坚守已经无法改变大局。到了七月十六日这一天，清军终于成功攻破了金华城。
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