户部尚书何楷同样来自福建漳浦，与黄道周同乡。在崇祯十一年，他们二人携手修撰刘同升、御史林兰友以及编修赵士春，共同三次上疏弹劾杨嗣昌，展现出刚正不阿的铮臣风范，赢得了全国上下的赞誉，当时人们称他们为“长安五谏”（此处长安代指北京）。
两人与郑芝龙、郑鸿逵争斗的过程如下：
皇上设宴款待大臣，郑芝龙以侯爵之位排在宰相之上，首辅黄道周说道：“按照祖制，武官不能排在文官右边。”两人为此争论不休，最后还是黄道周占了上风，郑芝龙则闷闷不乐。
郑芝龙和郑鸿逵仗着自己有拥立隆武的功劳，提拔自己人，比如吏科给事中朱作楫、户部主事叶正发，都是他们的门人。后来，皇上不完全听从他们的意见，他们就心怀怨恨。等到在南台举行郊天大典时，他们都称病不去。户部尚书何楷弹劾他们，说：“朝廷的重大典礼，没有比郊天大典更重要的了，而两位勋臣不出席陪祭，这是没有臣子的礼节！”
不久之后，郑鸿逵在殿上挥动扇子，何楷呵斥他，郑芝龙和郑鸿逵更加愤怒。
而让隆武和郑芝龙的冲突变得超级激烈的，竟然是因为战守问题大吵了一架。
七月初，隆武帝就下诏书说要亲自出征：“朕今痛念祖陵，痛惜百姓。狂彝污我宗庙，害我子民，淫掠剃头，如在水火。朕今诛清使、旌忠臣外，誓择于八月十八日午时，朕亲统御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵，统率六师，御驾亲征。”（“朕现在特别想念祖宗的陵墓，也特别心疼老百姓。那些野蛮的家伙把我们的宗庙都弄脏了，还残害我们的子民，到处淫掠，逼人剃头，简直就是把大家往火坑里推啊。朕现在要杀掉清朝的使者，表彰忠臣，发誓要在八月十八日午时，亲自率领御营中军平彝侯郑芝龙、御营左先锋定清侯郑鸿逵，统领六路大军，御驾亲征。）
从朱聿键的这道诏书来看，隆武朝的军事支柱肯定就是郑芝龙本人啦，而他手下的军队呢，则是由御营御左先锋郑鸿逵和营御右先锋永胜伯郑彩两个人来管理。朱聿键盼着郑家能“全体出动”，全心全意给皇室尽忠，为恢复大明使出全力。
但郑芝龙并不这么认为，因此，攻打南京的计划并没有像朱聿键想象的那样顺利。首先，郑鸿逵迟迟不肯行动，并假装生病不出来，直到10月才带领军队前往仙霞岭。同月，抚州也发出紧急警报，于是只能命令郑彩从杉关出发前往抚州，分兵一路进攻南昌，另一路支援饶州。
北上的战略战术不一致，这成为郑芝龙与朱聿键公开决裂的标志。随后，朱聿键为了摆脱"束缚"，搬到闽北地区，甚至考虑"向西走"，将都城迁至江西、湖南等地。仅仅三个月的时间里，两人的关系就从亲密无间变成了对立争吵。
有人说，如果不是郑芝龙拥兵自重，又对北征计划诸多阻挠，那么隆武帝的复国大业说不定真有希望成功。但实际上，这种说法完全可以套用到南明时期的每一个手握重权的武将身上，无论是弘光朝的四镇总兵、左良玉，还是隆武朝的郑氏家族，甚至是鲁监国的方国安、王之仁等等。
在那个混乱的时代里，很多武将都认为只要能保住自己的性命就已经很不错了，更别提什么舍生忘死、报效国家之类的话了。
而从现实角度出发，如果想要发动一场战争，那么必须要有精锐的士兵和强大的将领，同时还要有充足的粮草供应。可是自晚明以来，明朝官军的数量和战斗力不断下降，政府征收税粮也变得异常困难。等到崇祯时期，物资配给已经非常紧张，对于南明那些处于动荡不安、纷争不断且偏安一隅的君臣来说，形势只会更加严峻。此外，从当时的整体局势来看，无论是皇帝还是武将，他们能够依赖的地域资源和空间条件都在逐渐减少。
郑芝龙与隆武皇帝之间冲突的关键是因为彼此双方利益与目标的不同。
郑芝龙的为人干练狡黠，雄心勃勃，性格强悍。他的一生都充满了传奇色彩，从一个普通的水手成长为海上霸主，再到成为明朝的重要将领。
对于郑芝龙来说，他希望通过支持隆武帝来扩大自己在福建的势力范围，并加深对当地的影响力。这无疑是一种精明的政治策略。然而，与此同时，他的海商力量却是他多年努力经营的成果，来之不易且获利甚多。面对如此巨大的财富和权力，他显然不愿意轻易放弃。
因此，无论是当隆武帝及其大臣们提出北伐还是要迁往另一个省时，郑芝龙毫不犹豫地拒绝了。他明白，如果发动一场大规模的战役，不仅会耗费大量的人力物力，还可能导致自己的势力受到削弱甚至毁灭。他更愿意保持现状，利用自己的优势继续巩固自己在福建的地位。这种选择既体现了他的聪明才智，也暴露了他的自私自利。
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