朱由校让孙承宗帮助他整理这些，孙承宗在整理这些资料时如同看天书般眼花缭乱，在细读起来感到是那么的不可思议，他从来都没有想到世界会有这般的神奇和内涵，会有这样科学系统的理论和知识，更震惊于皇长孙是如何懂得这些，要知道，在他六岁时就作为皇长孙的师傅，他可是从来都没有见过皇长孙触及这些，心中的疑惑及对皇长孙的神秘更是增添了许多。
整理出原本之后，朱由校将这些书籍带到京师学堂，让学生们一一抄写原本作为他们的课本学习。朱由校在深宫中不能天天到京师学堂，那里的事物都交给孙承宗去打理，他隔三差五的去一次，每次去都给他们解答疑问，充当一次讲师，也鼓励他们自己搞研究。朱由校还不断的招收一些新学员，原本不大的四合院，随着生源的增多，已逐渐容不下了，不得不将学生们分上下午轮流上课。
经过一年多的教学，原本十几人的学生发展到近百人，而且其中不乏佼佼者，有宋应星、茅元仪、李之藻、潘文远、赵忠南等，其他人也都学有所成，看到能在这么短的时间里收到成果，朱由校不禁沾沾自喜，要知道，这近百人将是我大明科学的储备。
在军事上，朱由校以这贴身的九名侍卫位骨干，将明代的军事训练和当代的军事训练相结合编排，制定详细的军事科目。这九人不愧是锦衣卫出身，大明军队的精锐，他们很快就熟练的掌握了这些军事科目，每天的队列、五公里越野、骑马、射箭、军事理论学习等，逐渐适应了新的训练生活，看到他们一个个精神十足的劲儿，活脱脱的像现代军人，服从！执行！军纪严明！
看到这些点点之星，朱由校感慨万千，将来能否燎亮中原，就看我以后的人生了。
乾清宫中，万历皇帝凝重的看着一本奏表，心中感到了一点不安，他似乎预感到了什么。
“爱卿，你看这应如何处理？”万历皇帝深邃的目光看向首辅方从哲。
“陛下，朝鲜之战持久，费银八百余万两，西部三省多地灾害频仍，亟待赈济，南方暴民四起，需拨款平定，如今已不适再动刀兵！”方从哲俯首回答道。
“哼！一个小小蛮夷之人，竟能称汗建国，难道任由他做大，成为我大明心腹之患不成！”万历皇帝愤愤的将手中的奏表仍在地上。
“陛下，”方从哲回禀道：“此事需从长计议，努尔哈赤没有反我大明，仍视我大明为宗主，他既然向我称臣，上表纳贡，我们何不顺水推舟以抚边陲，否则必是刀兵相见，辽东一乱，后果不堪设想！”
“哼！那也不能由他做大，否则辽东将来不可收拾！”万历皇帝话锋一转，“爱卿，你身为首辅，可有良策？”
“陛下，”方从哲顿了顿，“我们对北方瓦剌、林丹汗等都是互相牵制，我们不妨对辽东的努尔哈赤也牵制。”
“噢，说来听听。”万历皇帝阴沉的脸有了一丝笑容。
“陛下，如今能和努尔哈赤抗衡的只有海西叶赫部，他们惧怕被努尔哈赤吞并，必然会倒向我们，我们何不一面册封努尔哈赤为汗，一面对海西叶赫部的布扬古、金台石加官晋爵，如此便能制衡努尔哈赤。”方从哲向万历皇帝献策道。
“嗯。”万历皇帝低头沉思了一会，转而露出喜色道：“好，就按爱卿所说！传旨，册封海西女真叶赫部布扬古、金台石为海西右卫都指挥使！”
“臣遵旨！”方从哲跪下迎旨。
“嗯，还有”，万历皇帝忽然脸色阴沉起来，怒道，“李成梁镇守辽东三十年，竟然养虎为患，不能守土一方，任由蛮夷做大，有负朝廷之重托，着革爵去职，褫夺一切封号！”
“这……”方从哲猛然一抬头，吃惊起来，方从哲惧怕地看着满脸怒气的万历皇帝，不敢说话，李成梁此时已死一年多了，万历皇帝还如此憎恨李成梁，可见努尔哈赤称汗建国对万历皇帝的刺激是多么的大。
“臣遵旨。”方从哲无力的接旨，退出了大殿。
辽东赫图阿拉城，努尔哈赤端坐在大殿内，御座下整齐站着身穿戎装的五大将和他的子侄，个个威风凛然，英气迸发。
努尔哈赤感慨万千，终于实现了宏图伟业，当初的十三副铠甲，如今的雄兵数万，女真大部已在我的控制之下，只有海西四部尚未归顺，早晚有一天我会统一女真，入鼎中原，完成我女真统一天下大业，报我父祖之仇。但现在还不是和明朝决裂的时候，明朝依然那么强大，只有统一女真，发展壮大自己，才能与明朝决战！如今，只有暂时向明朝称臣，发展积蓄力量，伺机而动，方可徐图大业在策略上我绝不能有颠覆性失误，否则必会遭到明朝打击，三十年之功毁于一旦！
万历四十四年二月十七日，努尔哈赤称汗建国，国号大金，都城赫图阿拉，随后派人送表北京，称臣纳贡。不久，北京回复，正式册封努尔哈赤为“覆育列国英明汗”。同时努尔哈赤还收到了册封海西女真叶赫部布扬古、金台石为海西右卫都指挥使的消息。努尔哈赤朝天一笑，哼！爱新觉罗与叶赫乃是世仇，早晚本汗灭海西叶赫，明朝这种制衡伎俩在我努尔哈赤看来无异于多此一举！
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