第二次泰伯利亚战争和第一次完全不一样。第一次泰伯利亚战争初期是相当混乱的，甚至战争初期双方都难以分辨敌友。而第二次泰伯利亚战争则完全不同，GDI和NOD都有着自己明确的势力范围，以及一个模糊的双方势力交织的中间地带，所以第二次泰伯利亚战争初期并不混乱，不管是GDI还是NOD的目的都清晰明了，也因此战争从一开始就相当激烈。
不过最开始GDI的最高指挥部还是有点懵圈的。他们懵圈的点在于NOD在全球的行动为什么这么协调统一，就好像他们重新拥有了一个最高领导一样，斯拉维克真有这本事管住全球的NOD成员？而随后传来的情报狠狠的刷新了一下GDI最高指挥部的世界观：
凯恩活了！
那段视频里的凯恩就好像个没事人一样进行着他的演讲，煽动着台下的NOD士兵，就像以前那样。
一个生物，在离子炮、初代离子炮的直接攻击下幸存了下来？我知道初代离子炮的威力完全没法和它的接班人相提并论，但是这也太扯了，但它就是发生了。凯恩还活着，那不是视频合成出来的东西，那就是活生生的凯恩！
这一刻，真相大白。现在NOD的最高领导人并不是斯拉维克，他现在只是黑手这支曾经由凯恩一手创建的秘密部门衍生出来的派系的领导人，NOD真正也是唯一的领导人是且只能是他们的弥赛亚，他们的先知：凯恩。借着斯拉维克干掉哈桑的势头，凯恩从地狱中归来，然后他只用了短短几个月的时间就把全球各地一盘散沙状的NOD成员重新凝聚成了一个整体，给了他们一个新的目标，给这个世界带来了一场新的战争。
事已至此后悔已经晚了，GDI不擅长后悔。GDI更加擅长用铁与血来证明自己的观点。
于是，在这个千疮百孔的地球上，人类又一次开始了互相厮杀。而且这次的规模和烈度也远超于第一次泰伯利亚战争，毕竟双方都投入了由大量的新技术组成的新装备、比如GDI的声波坦克、猛犸马克二型巨型步行机甲、科迪亚克级空天战舰（只有寥寥三艘，而且都不是完全体）、NOD那臭名昭着的半机器人技术、新一代隐形力场发生器、泰伯利亚飞弹......
不过实际上，第二次泰伯利亚战争的主要战场、特别是早期的主要战场基本上都在中立地带。毕竟战争前的缓冲地带，在战争时的情况可想而知。选择中立有中立的代价，选择忠于一方有不可逃避的职责，别想着不付出什么就能得到什么。
第二次泰伯利亚战争的过程相当复杂，同时相较于第一次泰伯利亚战争，迄今为止第二次还拥有大量模糊的细节和未公开的文件，导致这段时期的部分历史事件其记载相当不准确和模糊，对于这些内容，本编者不过多赘述......
求生欲极强。
不过，说来比较抽象的事情是，第二次泰伯利亚战争的结束也和凯恩有关。着名的麦克尼尔指挥官在一次行动中亲自率部突入了凯恩的所在地，并且表示自己亲手杀掉了凯恩，不过因为当时的设施即将爆炸，他不得不带着人迅速离开那里，所以最后大家也没能看到凯恩本人的尸体。所以对于这个消息是否保真，大多人都持观望态度，甚至有人为此设下了赌局，赌凯恩会不会诈尸。
再之后的事件，就是鼎鼎大名的火风暴危机了。臭名昭着的CABAL被NOD启用，并在之后在欧洲战区失控，开始指挥半机器人军队打死捕捉屠杀人类。而当时又正值新一轮全球性的大规模离子风暴正在爆发，不管是GDI还是NOD的全球指挥系统处在离线状态，各个区域的部队几乎都只能各自为战。
然后在这样的糟糕情况下，时任GDI欧洲战区总司令也是做出了一个决定：回应斯拉维克联络，他们现在必须得联手解决这个失控的人工智能，在一切都太晚之前。
随后，两个组织（其中NOD部队基本上都是黑手派系的人）开始在欧洲展开联合作战，破坏了一个个的半机器人工厂、解放了一个个战俘营，双方的部队踩着遍地的尸骸一点一点的逼近CABAL的核心所在。并最终在CABAL的核心所在地之前会师。
不过此时此刻黑手的状态远比GDI糟糕，基层部队伤亡过半，装甲部队损失惨重，甚至缺乏弹药和燃料、甚至连最后一台MCV都在先前的战斗中损失掉了。
而眼见黑手状况如此糟糕，当时的GDI战地指挥官也没有选择落井下石，而是向黑手部队分享了自己的补给，甚至提供了一台MCV（打完之后还了）给黑手。但是人手问题GDI指挥官也无能为力，抵达了这里的GDI部队现在也人手短缺，而且GDI部队大概率不愿意服从黑手指挥官的指挥。但是不立刻发起进攻又不行——现在还有很多的半机器人工厂在运转，每分每秒都有人在丧命，离子风暴还没有结束，联军还没有取得对CABAL的绝对优势，但他们现在确实站在结束这场危机的转折点上。
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