益阳决战前，在派余龙带着粮饷和弹药前往支援赣州和南昌战事的时候，朱由榔下密旨把这支特殊的土工部队交给余龙管带，命其协助李成栋部破城。
在土工部队的不懈努力下，没过几日，赣州南城被炸出了好些个缺口，不过缺口都比较，一是因为土工部队实战经验少，技术不够扎实，二是因为赣州城实在太坚固了，临着陆地的南城墙全是坚石，巨石浇筑，只有临着水，足够安全的其他三门才是普通的砖石结构。若非如此，早被火药棺材轰塌了。
即便这样，也已经让李成栋喜出望外了，他的部队缺乏重火炮，原本以为破城只能靠人命填了，没想到被前来援助的土工部队们一阵捣鼓，挖了几条地道，用了几口棺材和一些火药，就炸出了好些缺口。
“轰！轰！轰！……”
几声震动地的巨响声过后，南城墙终于承受不住爆炸的威力，从缺口处开始崩裂，一阵轰隆轰隆过后，伴随着漫的烟尘，不一会儿一个可供数人同时通过的大缺口出现在了两军阵前。
几棺材的火药同时爆炸开来，威力奇大，强烈的冲击波下，守卫在南城墙上的清兵们被炸得横七竖澳躺了一地，残肢断臂飞得到处都是，非死即伤，发出了惨绝人寰的哀嚎和惨叫，没被炸死的也大多被冲击波震晕了过去！包括汉军镶红旗，南赣巡抚刘武元也是当场被震晕！
剩余的清兵们见状，一阵惶恐，没见过什么世面的他们，以为明军那里有神仙相助，用仙术召来了雷轰炸，神仙之术岂是凡夫俗子所能抗拒？他们一个个士气大沮，不是呆立当场，就是畏缩不前。
不管主将高进库私扯着嗓子怎么呼喝命令，就是不敢再靠近南城墙，以至于事先准备在城墙上用来填补缺口的大量装满沙土的麻袋沙包竟没被利用起来，错过了填补缺口的最佳时机。
趁他病，要他命！
“儿郎们，随本镇冲啊！”
李成栋挥舞着军刀，布满硝烟的脸上，满是喜悦和振奋，围城月余，死伤了五六千士卒，在付出了如此沉重的代价后，眼看着就要破城了，能不兴奋激动么？
随着他一声令下，三军开动，排成一个个攻城方阵，抬着云梯，沿着通道穿过护城河，除了部分直接涌向城墙缺口，其他地方则搭起一座座云梯，向城头爬去。
一时间城上城下到处是一片惨烈的喊杀声。
失去了城墙的保护，所有的抵抗都已成徒然，只剩下不到两千兵力的清兵很快就被陆续涌入的明军杀死，杀散。
高进库由于督战太久体力不支，率部转战西城，见全城已陷便举刀自杀，南赣巡抚刘武元被当场活捉，所部汉八旗全部被斩杀！
从永历二年（公元1648年）三月初的金声桓，王得仁部五六万大军围城，到七月初，四个月里，明军两次合围，数次援兵会集，和城里的清兵激战数十次，硬仗恶仗无数。
终于赶在满蒙八旗兵前来援救前，攻下了对满清而言同样极为重要的军事重镇——赣州！
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