战役结束后，凯撒（Caesar）被任命为缺席独裁官，并任命安东尼（Antony）为骑兵统帅（master of horse，相当于副手）。
凯撒没有返回罗马，而是前往埃及，参与亚历山大战争（Alexandrian War），推翻托勒密十三世（Ptolemy XIII），扶持克利奥帕特拉（Cleopatra）为统治者。
克利奥帕特拉成为凯撒的情妇，并为他生下一个儿子，名为凯撒里昂（Caesarion）。
凯撒的这些行动进一步加强了罗马对这个已被罗马控制的王国的影响力。
在凯撒前往埃及期间，安东尼留在罗马管理意大利并恢复秩序。
然而，由于缺乏凯撒的指引，安东尼很快面临政治困难，证明自己不受欢迎。
他政治问题的主要原因在于债务减免政策。
公元前47年的一名保民官普布利乌斯·科尔内利乌斯·多拉贝拉（Publius Cornelius Dolabella）提出一项法案，主张取消所有未偿还债务。
出于政治和个人原因，安东尼反对这项法案：他认为凯撒不会支持如此大规模的债务减免，同时怀疑多拉贝拉勾引了他的妻子安东尼娅·海布里达（Antonia Hybrida）。
当多拉贝拉试图通过武力颁布该法案并占领了广场（Forum）时，安东尼下令士兵攻击聚集的人群，导致数百人丧生。
由此引发的不稳定局势，特别是在那些本可从法案中受益的凯撒退伍士兵中，迫使凯撒在公元前47年10月返回意大利。
安东尼处理多拉贝拉事件的方式导致他与凯撒的关系变得冷淡。
安东尼的暴力反应使罗马陷入无政府状态。
凯撒试图修复与多拉贝拉的关系。
他在公元前46年第三次当选执政官，但提议元老院将执政官职位转交给多拉贝拉。
当安东尼表示反对时，凯撒被迫撤回提议。后来，凯撒试图利用其作为独裁官的特权，直接任命多拉贝拉为执政官。
安东尼再次抗议，并以其占卜官（augur）的身份宣布凶兆不利，凯撒再次退让。
为了将多拉贝拉从罗马排除，凯撒最终赦免了他在骚乱中的角色，并让他作为自己军事行动中的一名将领。
然而，安东尼被剥夺了所有官方职位，在公元前46年和45年都未获任命。
取代安东尼的是马库斯·埃米利乌斯·李必达（Marcus Aemilius Lepidus），他成为凯撒在公元前46年的执政官同僚，并取代安东尼成为凯撒各类独裁职务的骑兵统帅。
当凯撒在北非作战期间，安东尼只是一个普通平民留在罗马。
凯撒从北非凯旋后，被任命为十年独裁官，并将克利奥帕特拉和他们的儿子带到了罗马。
公元前45年，凯撒前往西班牙击败最后的反对势力。
凯旋后，内战结束。
多拉贝拉事件之后，安东尼与他的第二任妻子离婚，并迅速与福尔维娅（Fulvia）结婚。
福尔维娅此前曾嫁给普布利乌斯·克洛狄乌斯·普尔凯尔（Publius Clodius Pulcher）和盖乌斯·斯克里波尼乌斯·居里奥（Gaius Scribonius Curio），自居里奥在公元前49年巴格拉达战役（Battle of the Bagradas）中阵亡以来，她一直是寡妇。
尽管安东尼与福尔维娅在公元前47年正式结婚，西塞罗（Cicero）却暗示两人的关系至少可以追溯到公元前58年。
这段婚姻育有两个孩子：马库斯·安东尼乌斯·安提卢斯（Marcus Antonius Antyllus，生于公元前47年）和尤卢斯·安东尼乌斯（Iullus Antonius，生于公元前45年）。
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无论与凯撒（Caesar）之间存在什么冲突，安东尼（Antony）始终对凯撒保持忠诚，确保他们之间的疏远不会持续太久。
公元前45年，安东尼在纳尔波（Narbo）与凯撒会面，两人和解，到了公元前44年，安东尼被选为与凯撒共同执政的执政官，双方的关系彻底恢复。
凯撒计划对帕提亚（Parthia）展开新的入侵，并希望让安东尼留在意大利，代表自己治理罗马。
和解不久后，据称凯撒的将军盖乌斯·特雷博尼乌斯（Gaius Trebonius）曾邀请安东尼加入刺杀凯撒的阴谋，但安东尼拒绝了这一提议。
如果确有此事，安东尼并未将此事告知凯撒。
两人共同上任后不久，罗马在公元前44年2月15日举行了牧神节（Lupercalia）。
这一节日是为了纪念母狼（Lupa），即哺育罗马奠基人罗慕路斯（Romulus）和瑞摩斯（Remus）的狼。
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