尼米兹上将不惜一切地违反了许多海军条例，就为了达成让约克城号随行的目标。在约克城号入港的仅仅三天后，她奇迹般的随着美军舰队（第17特混编队）奔向中途岛，展开她的最后一次作战任务。
除了实体战力的筹组，人员上尼米兹任命了雷蒙德·阿姆斯·斯普鲁恩斯少将代替当时因病而无法作战的威廉·哈尔西中将指挥第16特遣舰队。
尼米兹以手头中可用的所有航空母舰为主力，再加上约五十艘支援舰艇，在中途岛东北方向等候伏击前往中途岛的霓虹舰队。
中途岛上则有海军陆战队第六守备营约两千一百多人，以及海军航空站里含飞行员与辅助兵力在内约一千五百人。
与此同时，霓虹海军参加珊瑚海海战的航空母舰瑞鹤号在位于特鲁克的基地等待一批新的舰载机；受伤的翔鹤号则在基地进行维修。
如果霓虹海军没有大意地认为美军只会派遣两艘航母企业号及大黄蜂号迎击苍龙号，飞龙号，赤城号以及加贺号的话，那么中途岛海战，将可能会有迥然不同的结局。
由於日军错误低估了美军奇迹般的维修能力，霓虹海军自始至终都以为美军只有企业号及大黄蜂号两艘航母能投入战斗中。
霓虹的大本营在其5月5日的命令中，即已决定了这个次一阶段的作战。
联合舰队司令部所拟定的计划是异常的宏大而详尽，但却缺乏弹性。
几乎整个霓虹海军都被用在这次作战中。一共差不多动用了200艘舰艇，其中包括8艘航空母舰、11艘战列舰、22艘巡洋舰、65艘驱逐舰、21艘潜艇。协助它们的还有600多架飞机。
主要计划
对于主要的中途岛作战，霓虹人一共使用了:
（ 1）一个先遣潜艇部队，分成三线巡逻，具有击灭美国海军对抗行动的意图；
（ 2）一支侵入部队由近藤中将指挥，用12艘有护航的运输船，载运着部队5000人，担负密切支援的为4艘重型巡洋舰，·而一支较远距离的掩护部队则有2艘战列舰、1艘轻航空母舰和另外4艘重型巡洋舰；
（3）南云中将的第一航空母舰部队，包括4艘舰队重型航舰一搭载飞机250架以上一由2艘战列舰、2艘重型巡洋舰和1队驱逐舰担负护航的任务；
（4）山本大将所直接指挥的主力舰队，包括有3艘战列舰，加上驱逐舰的屏障和1艘轻型航空母舰。其中有1艘战列舰为最近建造完成的巨无霸“大和”号（Yamato），排水量7万吨，装有9门460mm三联装主炮，为山本的旗舰。
对于阿留申的作战，霓虹人所分配的兵力有:
（ 1） 1支侵入兵力由3艘有掩护的运输船组成，搭载部队2400人，加上1个由2艘重型巡洋舰所组成的支援群和一支包括2艘轻型航空母舰的航舰部队；
（2） 1支掩护部队则有4艘较旧的战列舰。
丑国这边，尼米兹上将一共只勉强集中了76艘舰艇，而其中有1/3是属于北太平洋的兵力，根本就不曾参加会战。
凌晨，霓虹第一波攻击机群36架俯冲轰炸机、36架水平轰炸机和36架零式战斗机开始从4艘航空母舰上同时起飞，108架舰载机在友永丈市海军大尉的率领下出发攻击中途岛。
南云中将命令侦察机搜索东、南方向海域，第二波攻击飞机提到飞行甲板上，准备迎击丑国舰队。
但是重巡洋舰利根号的2架侦察机因为弹射器故障，起飞时间耽误了半个小时，筑摩号的1架侦察机引擎又发生故障中途返航（这架飞机本应该正好搜索丑国特混舰队上空），给霓虹舰队埋下祸根。
拂晓，中途岛派出的“卡塔林娜”式侦察机发回发现日军航空母舰的报道，斯普鲁恩斯少将立即做出反应，准备攻击日军航母（其实法兰克·弗莱彻海军少将是这次行动的总指挥，但是斯普鲁恩斯首先发动空袭）。
丑国舰队因为已经破解了霓虹海军“JN-25”的通讯密码，而对敌人的计划了如指掌。
清晨，霓虹舰载机向中途岛发动了猛烈的攻击。驻扎在中途岛的美军战斗机也全部升空，迎击来犯的霓虹战机。美军的轰炸机，包括了B-17型轰炸机也向霓虹舰队发动还击。
7时整，友永丈市大尉率第一波攻击机群准备开始返航，并向南云中将发出了需要进行第二次攻击的电报。
7时06分，由战斗机、鱼雷机、俯冲轰炸机所组成的117架战机，从斯普鲁恩斯少将所率领的第16特混编队大黄蜂号及企业号升空，奔向200海里外的南云舰队。
7时10分，首批从中途岛起飞的10架美军鱼雷轰炸机出现在南云舰队的上空。
美军飞机排成单行，扑向日航空母舰。
在日军战斗机的截杀和日舰猛烈的炮火下，很快就击落了7架。
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