一、确定治疗原则
1.阴阳偏盛的治疗原则：阴阳偏盛为邪气盛的实证，治疗时采用“泻其有余”（祛邪）的原则。
2.阳偏盛：阳盛则热，阳盛则阴病，宜用寒凉药以制其阳，即“热者寒之”。若阳热盛损伤了阴液，则当兼顾其不足，适当配合益阴之法。
3.阴偏盛：阴胜则寒，阴胜则阳病，宜用温热药以制其阴，即“寒者热之”。若阴寒盛损伤了阳气，则当兼顾其不足，适当配合扶阳之法。
4.阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰为正气不足的虚证，治疗时采用“补其不足”（扶正）的原则。
5.阴虚：阴虚不能制阳而致阳亢者，属虚热证，须用“壮水之主，以制阳光”的方法，即用滋阴壮水法，以抑制阳亢火盛，《内经》称之为“阳病治阴”。
6.阳虚：阳虚不能制阴而造成阴盛者，属虚寒证，须用“益火之源，以消阴翳”的方法，即用扶阳益火之法，以消退阴翳，《内经》称之为“阴病治阳”。
7.阴阳互损的治疗原则：阴阳互损导致阴阳两虚，应采用阴阳双补的治疗原则。根据阴阳互根互用的原理：
对阴损及阳、以阳虚为主的阴阳两虚证，以补阳为主，兼以补阴。
对阳损及阴、以阴虚为主的阴阳两虚证，以补阴为主，兼以补阳。
二、归纳药物的性能
阴阳学说也用阴阳来概括药物的性味功能，作为指导临床用药的依据。
1.药性：寒凉属阴，温热属阳。具有减轻或消除热证作用的中药，一般具有寒性或凉性；具有减轻或消除寒证作用的中药，一般具有温性或热性。
2.五味：辛、甘、淡味属阳，酸、苦、咸味属阴。
3.升降浮沉：升浮者为阳，沉降者为阴。大抵具有升阳、发表、祛风、散寒、涌吐、开窍等功效的药物，多上行向外，其性升浮；具有泻下、清热、利尿、重镇安神、潜阳熄风、消导积滞、降逆、收敛等功效的药物，多下行向内，其性沉降。
总之，用阴阳学说指导疾病的治疗，就是根据病症的阴阳偏胜偏衰的情况，确定治疗原则。再结合药物性能的阴阳属性，选择相应的药物，以纠正因疾病所致的阴阳失调状态，达到治愈疾病的目的。
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