孙承宗离开京师前, 朱由校把他召到养心殿。这次面君就不是既往他给天子讲书了，而是作为地方大员离京前的奏对。
“孙卿，你此去大元岛, 在新元省的民政事务上，要服从、配合南居益的调派。”
孙承宗赶紧表示自己会听从、服从南居益的安排, 配合他完成好福建移民和新元治理。
朱由校见孙承宗的态度端正, 才略略放松了一点儿语气。
“孙师，为熊廷弼与辽东官员处理不好关系的事情, 你知道先帝的为难。朕不想你去到闽南后, 与福建总兵谢隆仪好好相处, 不要给朕也出这般的难题。”
孙承宗受惊，忙对天子说：“陛下，臣会收敛脾气的。”
朱由校点头。
“虽政事为重，但朕亦不想孙师受委屈，更不愿孙师的才能和精力浪费在维持人际关系上。这里面的度, 就要孙师自己去把握了。”
孙承宗的脾气比熊廷弼好不了太多, 可能就是有才华的人脾气都大吧。但是自己在临行前得天子这么语重心长地与他谈心，几十岁的人, 在不到二十岁的学生面前还是有点儿脸红。
“陛下放心, 臣会处理好政事与同僚的关系。”
“朕信你。目前新元只有你和南居益，你若是能处理好与他的关系, 以后你率军去吕宋的时候, 少不得就有了南居益在新元做你的坚强后盾。”
朱由校慢慢说着话, 继续点拨孙承宗。
“你也是帝师, 南居益不会明面为难你。但是常人若是受了闲气，除了圣人，其他人就难免不在往来中带出来。朕就是想维护你，吕宋距离京师也太远，遇事若没有南居益的及时出手，你可能就要先吃苦口、吃大亏，甚至误了自己的性命、误了政事。你可明白？”
孙承宗哪里有什么不明白的，天子对他说的都是为他好的肺腑之言啊。他满面惭愧对天子行礼。
“陛下，臣一定记得陛下的劝导。不会误了吕宋之事。”
“好。那朕就放心了。你此时去福建稍作休整，然后与当地通晓吕宋的人多咨询。再从新元往吕宋去。对于吕宋的西洋人不必留情面。这些西洋人遇到不自己强的，就开口要求做生意。也是没有半点公平诚意的。遇到比自己弱些的，都是杀人放火直接动手抢的，无论是粮食、矿物、船只、人口还有土地，什么他们都可能去抢。这就是西洋人在这个时代的海上伦理。所以，你不要抱着他们是有教养的、可以感化的观念去看待这些强盗。
孙师明白朕的意思吗？”
孙承宗点头，“臣明白，吕宋的西洋人欠了汉人三万多条性命呢。要是不能让西洋人有汉人的性命需要以一抵十，以后西洋人还是不会小心对待汉人百姓的。”
“你明白就好。朕得到的有关吕宋的消息是那里气候温暖，稻谷可以一年三熟的。而当地的土着并没有什么家国的观念的。”
孙承宗立即瞪大眼睛，“那，陛下，西北越来越冷，只能一年一熟。这样的好地方也应该像新元一样归到大明啊。”
“所以，你去到吕宋后，要立稳当了，为朕守好这吕宋布政司。”
朱由校好像说今儿天气不错的模样，但是吕宋布政司却震撼了孙承宗。他明白自己这次是破格拔擢，但是要是能够开疆拓境，也就不负身兼的兵部侍郎了。他看天子要接魏朝递过来的堪舆图，赶忙上前与魏朝一起将堪舆图展开。
“孙卿，你看着堪舆图，当明白吕宋位置的重要吧。”
孙承宗点头。
“臣守住吕宋这里，南思受守住新元，琉虬是大明的附属，等张之枺把朝鲜平定了，就不虞倭寇侵扰大明的沿海了。”
这话说的天子失笑，果然是大明的士大夫没有西洋人那般的殖民欲望吗？
“孙卿，你看这里、这里，这里不仅是一年三熟，而且这里都只有未开化的土人部落，还有就是历年漂洋过海谋生活的汉人。如果大明能像三宝太监那样在里克留名，最好是能为朝廷在里克得到站脚之地，就不虞西洋人再来骚扰大明的沿海了。”
朱由校尽力放缓说话的语速，让孙承宗好能明白自己的目的。
孙承宗的眼神跟着天子的手指移动，最后等天子的手指停住了，他才喟叹道：“还是成祖深谋远虑啊。安南之战就是应该的。若没有放弃交趾的话，从交趾的南端过去把这里掐住了，荷兰除非从天上飞到大明来。
陛下，臣明白陛下的心意了，第一步先稳住吕宋这里，第二步就等朝廷收回交趾后，吕宋与交趾的水师继续南下，在这里扼制布置水师，才有事半功倍的效果，才能阻止了西洋人再来大宋沿海骚扰。”
“你选的这个位置非常好。但是大明还是会同西洋人做生意的。以后朝廷会在吕宋开市，将大明的丝绸、布匹、茶叶等运去吕宋与西洋人贩卖，但是再不能出现西洋人用坚船利炮打下厦门，然后叫嚣着大明只能与他们一国做生意的事情。”
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