十月初二，官军再次发动猛攻，这次高起潜调来了更多火炮，对着城墙狂轰滥炸。登州的城墙虽然坚固但毕竟没有修缮完毕，经过三个月轰炸终于有几处坍塌。
"耿帅！东门城墙塌了一段，官军冲进来了！"
耿仲明亲自率领亲兵和陈绍先一起冲向东门缺口，他手持一杆长枪，在缺口处率军来回冲杀，枪尖所到之处，血花飞溅。
大多数人被耿仲明的勇气鼓舞，叛军再一次将官军打退。
"堵住缺口！"耿仲明大喝，叛军急忙搬运沙袋、门板等一切能找到的东西，暂时堵住了缺口。
回到府衙，耿仲明脱下血迹斑斑的铠甲，发现自己受伤数处，让军医来给自己包扎了一下。
"装船情况如何？"他问刚回来的陈绍宗。
"十二门红夷大炮都已装船，工匠家眷也都安排好了。"
耿仲明点点头："很好，告诉弟兄们，再坚持两天。十月初五，我们就启航。"
十月初三，官军攻势更加猛烈，吴襄似乎察觉到了什么，调集重兵猛攻南门。
耿仲明不得不亲自坐镇南门，用火铳轮番射击，才勉强击退官军。
当夜，登州城内一片忙碌，军士们悄悄将最后一批粮草、武器运上船只。
耿仲明站在码头，看着四十多艘大船静静停泊在港湾中，心中百感交集。
"耿帅，真的要去投鞑子吗？"一名老兵不甘心地问。
耿仲明望着黑暗中巍峨的城墙轮廓："大明已无我等容身之处，辽东现在虽为异域，却是唯一生路。"
十月初四傍晚，耿仲明下令在四门同时点燃篝火，制造全军仍在守城的假象。实际上，所有精锐都已悄悄撤到码头。
辰时刚到，随着耿仲明一声令下，四十余艘大船缓缓驶离登州港，当官军发现城中已空时，耿仲明的船队早已消失在茫茫大海中，就这样官军经过十三个月的激战得到了一所空城（比历史上早了五个月），虽然没能抓住孔耿，但是击毙了叛军的总兵陈有时还俘虏了毛承禄，希望陛下能接受吧。
崇祯五年十月二十日，辽东盖州海岸。
耿仲明站在船头，望着远处逐渐清晰的海岸线，心中忐忑不安，其实他也不知道皇太极会怎么对待他。
"耿帅，岸上有骑兵！"了望手突然喊道。
耿仲明急忙举起千里镜，只见海岸上确实有一队骑兵，旌旗招展。最引人注目的是一面金黄色的大纛，在阳光下熠熠生辉。
"是后金大汗皇太极！"耿仲明惊呼，"他亲自来迎接我们了！"
船队靠岸后，耿仲明整理衣冠，率先下船。
岸上，皇太极在众贝勒簇拥下迎上前来。耿仲明远远就跪下行礼。
皇太极快步上前，亲手扶起耿仲明："耿将军远来辛苦！朕已备下营帐，为将军接风洗尘！"
耿仲明受宠若惊，连声道："罪将耿仲明，拜见大汗！"
皇太极哈哈大笑，拉着耿仲明的手走向早已搭建好的黄色大帐。
帐前空地上，左右各设五座青色帐篷，后金高层几乎全员到场。
拜天仪式后，皇太极坚持要与耿仲明行女真最隆重的抱见礼。
在众目睽睽之下，耿仲明先行汉礼，然后上前抱住皇太极的膝盖，行抱见礼。
这一举动让在场的后金贵族们都露出惊讶的表情，要知道皇太极连自家兄弟都没行过如此礼节。
宴席上，皇太极亲自为耿仲明斟酒，亲切询问渡海详情。
当耿仲明汇报带来十二门红夷大炮和众多工匠时，皇太极眼中闪过惊喜的光芒。
"耿将军此来，实乃天助我也！"皇太极举杯高呼，"从今往后你部改编为天佑军，将军就是我大金的都元帅！"
耿将军率部就先在盖州驻扎，选个良辰吉日，在沈阳朕亲自为你授予官爵，同时封赏你的部下。
崇祯六年二月初三，沈阳城外三十里，皇太极再次举行盛大仪式欢迎耿仲明一行入城。
街道两旁，八旗官兵列队欢迎，百姓围观，这种场面让耿仲明及其部下都感到意外和感动。
在崇政殿，皇太极正式任命耿仲明为都元帅所部改编为天佑军，颁给印信，同时册封他为怀顺王。
当晚，大贝勒代善设宴款待；次日，其他贝勒轮番宴请，这种高规格的待遇，远超耿仲明预期。
一日宴后，皇太极单独召见耿仲明。
"耿卿，"皇太极亲切地说，"朕知你与孔有德情同手足，他日若在战场上相遇，卿当如何？"
耿仲明沉默片刻，郑重回答："臣既归顺大汗，自当以大汗之敌为敌。
然若遇孔大哥，臣愿劝其一同归顺，若其执意不降...臣请避战。"
皇太极非但不怒，反而欣慰地点头："卿重情重义，朕心甚慰。他日若遇孔有德，朕许卿自主决断。"
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