大家在哈拉帕秀休整了一天，准备开启第二阶段从哈拉帕到比亚埃尔莫萨的约300公里旅程，将穿越云雾林、热带低地与沼泽河流，最终抵达塔巴斯科州的湿热平原，需耗时7-10天。在市场上采购了防蚊面纱、奎宁药片、烟熏鱼干与防水靴。额外雇佣了持步枪的护卫，这些当地人比美国来的保安队更会应对美洲豹与土匪。
第13天，考察团在晨雾中离开哈拉帕的陡峭街道，向东南沿“哈拉帕-阿卡尤坎-比亚埃尔莫萨”古道，穿过马科斯山的松林，进入圣安娜山谷。目的地是约80公里外的阿卡尤坎。谷地山坡上德国移民的庄园中，混血劳工采摘晚熟柑橘，马车将水果运往韦拉克鲁斯港。经过拉古纳德卡特尔科湖，水面浮满睡莲，渔民用苇编陷阱捕鱼。进入洛斯图斯特拉斯山区后，突降暴雨，土路成泥潭，骡蹄深陷需人力拖拽。出了雨区后，到了雨林边缘，向导在前引路时经常用长棍敲打草丛，惊走了潜伏草丛的矛头蝮。
当晚夜宿阿卡尤坎村的Mesón del Sur，木棚内燃香茅驱蚊，晚餐为木薯饼配辣炖鬣蜥肉。
第14天到达了阿卡尤坎。在科马尔卡尔科废墟，土着老人讲述先祖以活人献祭雨神查克的传说。
第15和16日是从阿卡尤坎到夸察夸尔科斯约60公里的行程。进入塔巴斯科低地，空气湿热，植被转为热带雨林。沿途可见法国公司橡胶采集营内玛雅劳工割取橡胶树汁，营地飘散刺鼻的用于凝固乳胶的氨水味。传教站里，方济各会修士在圣佩德罗村建茅草教堂，教土着儿童西班牙语圣歌。沼泽边缘的捕蝇草与瓶子草在湿气中张牙舞爪。夜宿夸察夸尔科斯河边的棕榈叶棚屋，船夫用炭火烤河龟，配酸橙与辣椒。破晓时分，红吼猴的咆哮声震动雨林，鹦鹉群惊飞如彩云。
第17、18、19日是在浅底船上度过的，从夸察夸尔科斯到比亚埃尔莫萨的约160公里水路。乔翁塔尔人船夫驾船，船身涂黑以防蚊虫。浅底船队载货顺格里哈尔瓦河南下，船夫以长篙避开水下枯木与鳄鱼。穿行塔巴斯科沼泽，红树气根如蛛网蔽日，白鹭伫立捕鱼。河岸偶见La Venta遗址坍塌的巨石人头，被藤蔓吞噬。午间停泊时，幼年鳄鱼试图攀船，船夫以篙击退。
沼泽蚊群密集，虽用奎宁预防，仍有船夫高烧呓语，靠土着草药苦木皮缓解。好在考察团成员都严格按照要求每日服用奎宁，衣物浸桉树油驱虫，伤口速涂龙舌兰汁防溃烂，所以倒没有受到什么损失。
在沼泽中是不能夜宿的。玛雅船夫轮班撑船前行。而夜行的独木舟队似乎打破了沼泽夜晚的宁静，让整个沼泽活了起来。成千上万的萤火虫从红树气根间腾起，宛如被船桨惊扰的绿色星尘。雄性萤火虫以精确的2秒间隔闪烁，求偶信号在水面形成绵延的摩尔斯密码；雌虫则藏身叶片背面，以持续微光回应。船队经过时，虫群如被无形气流牵引，在独木舟两侧旋出荧光的涡流。船夫的长篙每击打一次水面，便有更多光点从芦苇丛中炸开，似银河碎屑坠入人间。萤火虫振翅的嗡鸣被沼泽吸收，只余船体擦过红树根须的摩擦声，如幽灵吮吸骨髓。远处吼猴的夜啼突然撕裂寂静，萤火虫群霎时同步熄灭，2秒后重新亮起时，已变换为防御性的混乱频闪。
腐烂的棕榈树干上，发光真菌像地狱的烛台般生长。菌丝网络在树皮下蔓延，形成毛细血管状的蓝光纹路，其冷色调与萤火虫的黄绿光形成诡异对比。最密集处，倒伏的巨木宛如搁浅的磷光鲸骨，菌伞边缘的发光强度足以照亮近处的船夫面庞——他瞳孔收缩，虹膜反射出非自然的冰蓝色。发光真菌释放出略带杏仁味的孢子，混和红树林底泥的硫磺气息，形成一种类似苦艾酒的致幻腥甜。考察队员的日记记载：“每口呼吸都像吞咽液态的磷火，喉咙灼痛却甘美。”
乔翁塔尔船夫在船头悬挂棕榈叶编织的“光笼”，捕捉数十只萤火虫作为临时灯笼。按古老传说，若萤火虫在笼内齐声熄灭，预示鳄鱼神即将现身，需立刻投掷烟草与盐平息神怒。
鳄鱼潜伏水下，瞳孔裂成垂直狭缝，萤火虫倒影在视网膜上化为跳动的猎物坐标。一条幼年鳄鱼突袭独木舟，搅碎的光斑暴露其位置，船夫以长篙刺击时，篙尖沾染的菌光在鳄鱼鳞片上划出妖异的蓝色弧线。萤火虫的天敌——盗蛛在菌光树干上织网，利用真菌吸引趋光性昆虫。蛛网粘附的萤火虫尸体继续闪烁，成为死亡的诱饵灯。
沼泽死水的油膜将光线折射成同心圆波纹，萤火虫的倒影被拉长为彗尾，真菌的冷光则碎裂为浮动的琉璃片。船队仿佛航行在双重宇宙的交界，上方是跃动的生命之光，下方是凝固的死亡之辉。踏步在发光真菌编织的幽蓝地毯，穿行于萤火虫的舞蹈之中，船队横渡了塔巴斯科沼泽，离比亚埃尔莫萨越来越近。终于，天色微明之际，隐约看到了圣卡洛斯堡垒的身影。
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