对于战区之上，李勇决定在金山总部设立总政治部、总参谋部、总装备部和总后勤部四部，总政负责军官培训、考核和任免；总参负责作战计划制定和审核；总装备部负责军事装备的研发和生产；总后勤部则负责军用物资管理同时兼顾征兵和军饷。
一旁的汤青雨民快速的记下安排，当天形成公文，盖上萝卜章下发，特别是山东和辽南扩军那是一分钟也不能再耽搁，沈佩玉也立即追加预算，立即要拨款支持，瞧李勇这一家子“夫妻店”，那办事的效率，真是杠杠的！崇祯如果知道，一定会看哭！
军改讨论完，李勇决定一不做二不休，把政府的架构也得拿出来讨论一下，四川、云南、高棉、勃固和辽南以及北朝鲜，那金山已实控，统一的政府管理已经是迫在眉睫，而且与松江知府陈元化、杭州知府陈潜夫和苏州知府史应选三人在今年的七月底喝了一次茶，三个人是接受对朝廷采用阴阳政策，阳面按规矩交皇粮，阴面按金山的指引建新政管理地方，这样算不上完全实控，但也算是金山模式了。
崇祯四年十二月初八晨，在李勇官邸的会客厅，李勇将陈子龙、赵礼、方以智、徐孚远、杜麐征、宋应星、宋应昇、沈星奕、汤克严、沈学海、汤青雨和沈佩玉，还有特邀嘉宾陈元化召集在一起，这是金山第一次公开讨论新国家的新政体，全体“造反”人员异常的兴奋。
由陈元化给大家先科普了大明的六部三卿。
六部为吏部，掌管全国文职官吏的任免、考课、勋封等事；户部，掌管全国户口、土地、赋税、钱粮、财政收支等事。礼部，掌朝廷礼仪，祭祀和科举等事务。在大明，礼部为六部之首，还掌管官吏的任免、考核、升降和调动；兵部，掌管武官的选用和兵籍、军械等。刑部，掌司法、刑狱；工部，掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等事。
在大明，九卿是指六部尚书、都察院都御史、大理寺卿和通政使，吏部尚书负责全国文职官吏的任免、考课、勋封等；户部尚书负责全国户口等事务；礼部尚书掌朝廷礼仪等；兵部尚书掌管武官相关事务；刑部尚书掌司法刑狱；工部尚书掌管工程等事务。都察院都御史是由唐宋时期的御史台发展而来，主掌监察、弹劾及建议。大理寺卿相当于现代的最高法院，大理寺卿掌刑狱案件审理；通政使掌受四方章奏，职掌出纳帝命、通达下情、关防诸司出入公文、奏报四方臣民建言、申诉冤滞或告不法等事，且有机密不时入奏之权。
李勇非常理解在这个生产力不发达的时期，虽说是中央集权，但是封建朝廷和现代政府相比，真的只是一个小朝廷，但金山不一样，李勇已经开启了工业革命和殖民帝国，如果没有强有力的现代政府和军事架构作支撑，那国家很快就会因为治理混乱而崩溃，所以必须立即引入现代的政府架构，以前朝廷管不着的地方，那金山可是都要管起来，特别是大明朝廷不下乡，县之下，全是各大门阀和家族说出了算，家法大于大明律，这个李勇不能忍。
当陈元化介绍完以后，大家以期待的眼光看向李勇，李勇不负众望讲出他的想法：“我对新政府的认知是，首先全国的治理必须基于宪法，宪法不仅规定了国家的根本制度和根本任务，还详细规定了公民的基本权利和义务、国家机构的组织和运作、以及宪法的保障机制等，构成了国家治理和社会发展的基本框架。宪法还包括，如国旗、国歌、国徽和首都等，这些规定体现了国家的象征和标志。在这里我提议由陈子龙组织专人，用一年的时间来完成这部影响未来至少三百年国运之大宪法。”
陈之龙非常激动站起来说道：“全力以赴，不负大家所望！”
李勇接着分享自己的想法，新政府按党政军划分，其中的军前面已经讲了，分为总政、总参、总装和总后，下设陆军的四大战区和海军的三大舰队，外加三个殖民公司。
因为有同志会这个先进组织的存在，有一部分政府职能将放到政党一边，比如组织部选拔干部、宣传部负责舆论引导和检查、纪律部防止贪污和腐化。
而其中的政，则要实现三权分离，这三权分别是立法权、行政权和司法权分离，立法权交给人民代表大会，行政权是成立国务院，司法权则是成立独立的检查院和法院，政府的国务院相当于大明的六部。
李勇把它细分为二十部级单位：人事部（户部）、财政部（吏部）、外交部（礼部）、工业部（工部）、司法部（刑部）、国防部（兵部）、增设交通部、农业部、教育部、科技部、警察部、民政部、建设部、卫生部、文化部、税务部、国资部、专卖局、中央银行和海关。
交通部负责公路、铁路以及水路和规划和指导，农业部负责.......国资部是管理国有企业，专卖局负责盐和烟酒的专卖，中央银行负责钱币的发行、利率、证券等控制，海关负责关税制定和收取.......
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