博洛派遣阿济格、尼堪、努山等率军追击，攻破汀州，生擒朱聿键及一些藩王等，隆武政权覆灭。
之后，博洛又攻下兴化、漳州、泉州诸府，基本平定了福建。
然而，郑芝龙降清之后，博洛背信弃义，出兵攻打郑家的故乡泉州南安。
郑成功之母田川氏当时已从日本搬至南安定居，不幸碰上此次劫难，在战乱中自杀身亡。
郑成功得知母亲死后，悲愤交加，心中抗清的决心更加坚定。
他以厦门、金门两岛为抗清基地，收编郑芝龙旧部，积极招兵买马，高举反清复明的大旗，力量迅速壮大，成为南明后期主要军事力量之一。
1647年一月，郑成功在小金门以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。
此后，他多次率军与清军作战，虽互有胜负，但始终没有放弃抗清的信念，在东南沿海一带持续给清军以沉重打击。
1649年（顺治六年），郑成功改追随永历帝朱由榔，永历帝册封其为“延平王” 。
郑成功的抗清行动，让多尔衮大为恼火。多尔衮多次下令围剿郑成功，
但郑成功凭借着出色的军事才能和海上优势，屡次成功突围，并不断扩大自己的势力范围。
多尔衮通过嘉定、扬州、江阴等地的血腥屠杀，虽暂时镇压了部分地区汉人的反抗，但郑成功等领导的反清力量却如星星之火，在东南沿海一带坚持抗清。
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