尽管付出了如此高昂的代价，战后，乾隆帝还是进行了论功行赏。
阿桂作为此次战役的关键将领，因战功赫赫被封为一等忠勇公，并入职军机处担任首席军机大臣，成为了乾隆朝后期的重要政治人物。
副将军明亮 ，协助阿桂战事有功，封一等襄勇伯
参赞大臣海兰察 ，谋略有方，封一等超勇侯。
福隆安， 年仅21岁，崭露头角，封三等嘉勇男
岳钟琪 ，提出战略建议，被采纳，封为三等忠勇公 。乾隆一共封了五十名川西之战的功臣。
为了加强对川西地区的控制，防止类似的叛乱再次发生，乾隆在当地进行了一系列改革并设置机构。
在军事方面，于懋功、章谷、抚边、绥靖、崇化等五屯驻军屯垦。
这些军事据点的设立，既能起到防御作用，保障进入西藏通道的安全，又能对当地进行有效的军事威慑，使得地方势力不敢轻易兴风作浪。
在行政管理上，推行改土归流政策，废除了当地原有的土司制度，
改为由中央政府直接派遣流官进行管理，极大地加强了中央集权，促进了当地与内地在政治制度上的统一。
在文化教育方面，设立学校，鼓励当地百姓学习汉文化，促进了民族之间的文化交流与融合，从思想层面，巩固了清朝对这一地区的统治。
此后乾隆一朝，川西再无发生战事。
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