道光帝沉吟片刻，采纳了二人建议，任命长龄为扬威将军，杨遇春和山东巡抚武隆阿为参赞大臣，
命其迅速调集吉林、黑龙江、陕西、甘肃、四川 5 省共计 3 万兵力，即刻奔赴南疆平叛。
道光六年（1826 年）十月，调集的全国军队陆续进入南疆。
陕西、四川等地清军万余人率先抵达阿克苏，平叛战争正式转入凌厉的攻势。
叛军 3000 人盘踞在阿克苏西南约 250 里的柯尔坪，此地乃清军西进的必经之路。
长龄站在地图前，目光如炬，果断派遣陕西提督杨芳，采用突袭战术，务必全歼叛军。
长龄乃尚书纳延泰之子，惠龄之弟，道光年间，他历任协办大学士、文华殿大学士、军机大臣、云贵总督等。
道光六年，转任伊犁将军，主持平定张格尔之乱。
杨芳接到命令后，率部趁叛军不备，迅速出击，成功攻占柯尔坪，为后续进军开辟了通道。
与此同时，和阗伯克伊敏率领当地群众 2000 余人英勇奋战，一举击败叛军，成功收复和阗。
天公不作美，狂下暴雪，大雪封路，清军无法及时增援，和阗又不幸被叛军夺回。
伊敏看着被夺回的和阗，眼中满是不甘与愤怒。
道光七年（1827 年）二月，清军主力挥师西进。长龄亲率满汉步马官兵 2 万余人，
兵分前后两路，向叛军发起总攻。
清军一路势不可挡，接连给予张格尔叛军沉重打击。
三月初一日，清军成功收复喀什噶尔城，随后又一鼓作气，陆续收复英吉沙尔、叶尔羌与和阗等城。
至此失地基本收复。
张格尔如惊弓之鸟，率领残部四处逃亡，流窜于木吉、阿赖、达尔瓦斯等崇山峻岭中。
然而，张格尔“复国”的野心始终未熄灭，于道光八年（1828 年）初，
他妄图趁春节清军放松警惕之际，再次潜入阿图什兴风作浪。
但他的阴谋被清军识破，杨芳与伊萨克等人接到情报，率军一路急驰追赶了一昼夜，
“这回可不能让他再跑掉！”清军犹如猎犬锁定了猎物，一路狂奔，张格尔最终无路可逃，在喀尔铁盖山束手就擒。
张格尔被押解至京，道光帝下令在午门举行盛大的斩首仪式，以彰显国威。罪大恶极的张格尔被凌迟处死，这场长达八年之久的叛乱，终于画上了句号。
道光帝领导的这次平叛行动，显示了他维护国家统一的决心，粉碎了英国人和浩罕汗国的险恶阴谋。
此后，道光改革南疆官场制度，逐步清除腐败，还南疆百姓一个安定生活的场景，南疆就此平复。
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