建武二十三年（公元47年）
春季，正月，南郡的蛮人发动叛乱，刘秀派武威将军刘尚前去征讨，很快就平定了叛乱。
夏季，五月丁卯日，大司徒蔡茂去世。
秋季，八月丙戌日，大司空杜林也去世了。
九月辛未日，刘秀任命陈留太守王况为大司徒。
冬季，十月丙申日，又让太仆张纯担任大司空。
这一年，武陵的蛮人首领相单程等人造反，刘秀派刘尚率领一万多士兵，逆着沅水进入武溪攻打叛军。刘尚轻敌冒进，深入敌境，蛮人凭借险要地势进行截击，刘尚所率军队全军覆没。
当初，匈奴单于舆的弟弟右谷蠡王知牙师，按照继承顺序，本该成为左贤王，而左贤王接下来就该继承单于之位。但单于想把位子传给自己的儿子，于是杀了知牙师。乌珠留单于有个儿子叫比，担任右薁鞬日逐王，统领南边八个部落。比看到知牙师被杀，抱怨道：“论兄弟顺序，右谷蠡王该当左贤王；论父子关系，我是前单于的长子，我才该当单于。”从此，他内心充满猜忌和恐惧，很少参加单于的集会。单于对他起了疑心，便派两名骨都侯去监督比所统领的军队。等到单于蒲奴即位，比更加心怀不满，他秘密派汉人郭衡带着匈奴地图，前往西河太守处，请求归附汉朝。两名骨都侯察觉到了比的意图，恰逢五月匈奴举行龙祠祭祀，他们就劝单于杀掉比。比的弟弟渐将王正在单于大帐中，听到这个消息，赶忙跑去告诉比。比于是集结八部四万多兵力，准备等两名骨都侯回来就杀了他们。骨都侯快到的时候，发现了比的阴谋，便逃走了。单于派一万骑兵攻打比，看到比的兵力强盛，没敢进攻就回去了。
这一年，鬲侯朱祜去世。朱祜为人质朴正直，推崇儒学。他做大将时，常常接受敌人投降，把平定城池作为主要目标，不追求杀敌斩首的功劳。他还严格约束士兵，禁止抢掠百姓。但士兵们喜欢肆意放纵，很多人因此怨恨他。
建武二十四年（公元48年）
春季，正月乙亥日，刘秀大赦天下。
匈奴南边八部的首领们商议后，共同拥立日逐王比为呼韩邪单于。比派人到五原塞，表示愿意永远做汉朝的屏障，抵御北方的匈奴。刘秀把这件事交给公卿大臣们讨论，大多数人认为：“天下刚刚安定，国内空虚，匈奴人的真实想法难以捉摸，不能答应他们。”只有五官中郎将耿国认为：“应该像汉宣帝时那样，接受他们归附。这样可以让他们东边抵御鲜卑，北边抗拒匈奴，还能带动其他少数民族，恢复边境郡县的安宁。”刘秀采纳了耿国的建议。
秋季，七月，武陵的蛮人侵犯临沅。刘秀派谒者李嵩、中山太守马成前去征讨，却没能取胜。马援请求出征，刘秀担心他年纪大了，没有同意。马援说：“我还能披甲上马作战！”刘秀便让他试试。马援跨上马鞍，左顾右盼，向刘秀展示自己还能出征，刘秀笑着说：“老将军真是精神矍铄！”于是派马援率领中郎将马武、耿舒等四万多人，前往五溪平叛。马援对朋友杜愔说：“我深受皇上厚恩，如今年纪大了，日子不多了，常常担心不能为国捐躯。现在有机会实现心愿，就算死了也甘心。只是怕那些权贵子弟，有的在我身边，有的和我一起共事，实在难以协调，我就担心这一点！”
冬季，十月，匈奴日逐王比自立为南单于，派使者到汉朝朝廷，俯首称臣，愿做藩属。刘秀就此事询问朗陵侯臧宫的意见，臧宫说：“匈奴现在饥荒、瘟疫不断，内部又纷争不断，我愿意带五千骑兵去建立战功！”刘秀笑着说：“总是打胜仗的人，很难和他们商议敌情，我还是自己再考虑考虑吧。”
建武二十五年（公元49年）
春季，正月，辽东境外的貊人侵犯边境，太守祭肜用怀柔手段将他们招降。祭肜又用财物拉拢鲜卑大都护偏何，让他去招纳其他部落。偏何等人纷纷前来归附。祭肜对他们说：“你们要是真想立功，就去攻打匈奴，把他们的首级斩下来送来，那才能证明你们的诚意。”偏何等人马上就去攻打匈奴，斩杀了两千多人，带着首级来到郡里。此后，他们每年都会攻打匈奴，送来首级，接受汉朝的赏赐。从此，匈奴势力衰弱，边境不再有寇贼侵扰，鲜卑、乌桓也都前来朝拜进贡。祭肜为人质朴稳重、坚毅刚强，对待少数民族以恩德和信义，所以他们既敬畏又爱戴祭肜，愿意为他拼死效力。
南单于派弟弟左贤王莫率领一万多军队攻打北单于的弟弟薁鞬左贤王，将其生擒。北单于十分惊恐，向北 retreat 了一千多里。北匈奴的薁鞬骨都侯和右骨都侯率领三万多人，归附了南单于。 三月，南单于再次派使者到汉朝进贡，请求汉朝派使者监护，还希望送王子到汉朝做人质，恢复以前和汉朝的盟约。
戊申日（月末），发生了日食。马援的军队到达临乡，打败了蛮兵，斩杀、俘虏两千多人。
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