太和二年（公元228年）
正月，司马懿攻打新城。仅仅十六天，新城就被攻破，孟达也被斩杀。申仪在魏兴待了很久，擅自以皇帝名义刻制印章，随意封官授职。司马懿把他召来抓住，带回洛阳处置。
之前，征西将军夏侯渊的儿子夏侯楙娶了曹操的女儿清河公主，曹丕年少时和他关系很好。曹丕即位后，任命夏侯楙为安西将军，都督关中地区，镇守长安，让他接替夏侯渊的位置。诸葛亮准备出兵进攻魏国，和下属商量计策。丞相司马魏延说：“听说夏侯楙是皇帝的女婿，胆小又没谋略。现在给我五千精兵，再配五千人背粮草，直接从褒中出发，沿着秦岭向东，到子午谷后往北走，不出十天就能到长安。夏侯楙听说我突然杀到，肯定弃城逃跑。到时候长安城里就只剩御史和京兆太守了。横门的粮仓和百姓的存粮，足够我们吃。等魏国从东边调兵赶来，还得二十多天，而您从斜谷进军，也能按时到达。这样一来，咸阳以西就能一举平定！”但诸葛亮觉得这计策太冒险，不如走稳妥的路线，先稳稳拿下陇右地区，有十足把握取胜且没有风险，所以没采纳魏延的建议。
诸葛亮对外宣称要从斜谷道攻打郿县，派镇东将军赵云、杨武将军邓芝率领疑兵，占据箕谷，迷惑魏军。魏明帝曹睿派曹真都督关西各路军队抵御。诸葛亮则亲自率领大军进攻祁山，蜀军军容整齐，号令严明。此前，魏国因为蜀汉昭烈帝刘备去世后，好几年都没什么动静，所以压根没做防备。突然听说诸葛亮出兵，朝廷和民间都十分惊恐。天水、南安、安定三郡的人纷纷背叛魏国，响应诸葛亮，整个关中地区都为之震动，魏国大臣们一时都想不出应对办法。曹睿却说：“诸葛亮之前凭借山川险要固守，现在主动出击，正中我们下怀，这次一定能打败他！”于是调集五万步兵、骑兵，派右将军张合率领，向西抵御诸葛亮。丁未日，曹睿亲自前往长安督战。
说起马谡，他是越巂太守，才华出众，喜欢谈论军事谋略，诸葛亮对他格外器重。刘备临终前却提醒诸葛亮：“马谡这人说话夸大其词，不能委以重任，你一定要仔细考察。”可诸葛亮不这么认为，任命马谡为参军，每次召见他交谈，都能从白天聊到黑夜。这次出兵祁山，诸葛亮没用魏延、吴懿等老将做先锋，而是让马谡率领各军在前，结果在街亭和张合交战。马谡不按诸葛亮的部署行事，军事安排混乱，放弃水源，上山扎营，不在山下守城。张合切断了蜀军的取水通道，发动攻击，把马谡打得大败，士兵们四处逃散。诸葛亮失去了进攻的依托，只好带着西县一千多户百姓撤回汉中。他把马谡关进监狱，最后将其处死。行刑时，诸葛亮亲自去祭奠，痛哭流涕，还像往常一样照顾马谡的遗孤。蒋琬对诸葛亮说：“当年楚国杀了成得臣，晋文公高兴得不行。如今天下还没平定，就杀了有智谋的人才，难道不可惜吗？”诸葛亮流着泪说：“孙武之所以能打胜仗，就是因为执法严明。当年扬干扰乱军纪，魏绛就杀了他的仆人。如今天下分裂，战争刚刚开始，如果不严格执法，还怎么讨伐敌人呢？”
马谡还没失败的时候，裨将军、巴西人王平就多次劝诫他，马谡却不听。战败后，蜀军四处溃散，只有王平率领的一千人敲着战鼓，坚守阵地。张合怀疑有伏兵，没敢逼近，王平这才慢慢收拢各营逃散的士兵，带回营地。诸葛亮处死马谡和将军李盛，收回将军黄袭等人的兵权，唯独王平得到重用提拔，被任命为参军，统领五部军队并兼管军营事务，晋升为讨寇将军，还被封为亭侯。诸葛亮也主动上书，请求将自己降职三级，后主刘禅任命他为右将军，但仍代理丞相事务。
与此同时，赵云、邓芝的军队在箕谷也吃了败仗。不过赵云收拢部队，坚守阵地，所以损失不大，但他也因此被贬为镇军将军。诸葛亮问邓芝：“街亭兵败，士兵和将领都各自逃命；箕谷兵败，大家却没有失散，这是为什么？”邓芝回答：“因为赵将军亲自断后，军需物资一点没丢，所以大家才没走散。”赵云还有剩余的军资绢布，诸葛亮让他分给将士，赵云却说：“打了败仗，哪有理由接受赏赐！这些东西都放进赤岸库，等十月再作为冬季赏赐发放。”诸葛亮对他的做法大为赞赏。
有人劝诸葛亮再次发兵，诸葛亮说：“我们在祁山、箕谷的兵力都比敌军多，却没打赢，反而被打败，问题不在于兵少，而在于将领指挥不当。现在我打算减少兵力、精简将领，严明赏罚、反思过错，研究今后灵活应变的办法。如果不这么做，就算兵再多又有什么用！今后，大家只要一心为国，多多指出我的不足，那么大业可成，敌人必败，功劳很快就能到手！”于是，诸葛亮开始考核将士们的微小功劳，表彰壮烈之士，主动承担过错、责备自己，还向全国公布自己的失误。他积极练兵，研究兵法，准备日后再战。经过训练，蜀军士气重振，百姓也渐渐忘记了这次失败。诸葛亮出兵祁山时，天水参军姜维前来投降。诸葛亮欣赏姜维的胆量和智谋，任命他为仓曹掾，让他掌管军事。
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