曾国藩在后方闻听三河之变，忧心如焚，深恐安徽大局崩溃。但当得知彭玉麟处变不惊，水师岿然不动，江防稳固如初时，不禁大为感慨，在奏折和书信中多次称赞彭玉麟“忠勇果毅，能任大事”，“水师得人，江淮无忧”。彭玉麟在此次危机中的中流砥柱作用，使其在湘军集团内部乃至清廷眼中的地位愈发重要。
三河之败的阴影逐渐被克服后，湘军对安庆的围攻更加坚定。彭玉麟的水师扮演了不可或缺的角色：
彻底封锁：水师战船沿安庆江面密布，形成铁桶般的封锁线，不仅阻止了太平军从水上增援和补给，也断绝了城内守军从水路突围的可能。
火力支援：水师炮船日夜轰击安庆城墙及城外太平军据点，为陆师的壕堑作业和攻城行动提供强大火力掩护。
物资保障：长江成为湘军最重要的后勤生命线。彭玉麟确保粮饷、军械、兵员通过水路由两湖源源不断运抵前线，支撑了长达两年的围城战。
咸丰十一年（1861年）八月，湘军曾国荃部陆师在完成地道爆破后，对安庆发起总攻。彭玉麟督率水师所有炮船，集中火力猛轰北门及沿江一带，牵制敌军，配合陆师行动。是年九月初五（1861年9月5日），湘军终于攻克安庆，太平军守将叶芸来、吴定彩以下万余人战死。
安庆的克复，是太平天国战争中的决定性战役。天京失去了最后一道强有力的屏障，暴露在湘军兵锋之下。彭玉麟在此役中居功至伟，清廷赏加其巡抚衔，并赏穿黄马褂，以示殊荣。然而，当将士们欢庆胜利时，彭玉麟却独自一人登上旗舰楼船，遥望江南。他取出木匣中的干梅花，心中默念：“梅姑，安庆已克，天京在望，你……可能看见？” 功成名就，却无人分享，胜利的喜悦丝毫无法冲淡他心底的孤寂与哀思。
攻克安庆后，湘军顺流直下，兵锋直指天京。彭玉麟水师作为先锋，一路扫荡沿江太平军残存据点，于同治元年（1862年）春，进泊天京护城河口，与曾国荃陆师会合，对天京形成合围。
此时，彭玉麟已实际成为湘军水师的最高统帅（杨岳斌已调任他职），麾下战船数百，水勇逾万，旌旗蔽空，声势浩大。他驻节于天京上游的大胜关，建立水师指挥部，统筹整个天京战场的水陆协调与江防事务。
围困天京期间，彭玉麟的水师任务极其繁重：
江面封锁：严防死守，杜绝任何物资通过长江进入天京。他派舰船日夜巡逻，甚至深入支流小河，确保封锁线滴水不漏。
阻击援军：同治元年至二年，李秀成多次率太平军主力回援天京，发动多次大规模解围战。彭玉麟水师利用江防优势，配合陆师，屡次击退试图渡江或沿江而进的太平军，尤其在阻击李秀成“十三王”救天京的战役中，水师炮火发挥了关键作用。
策应陆师：水师炮火不断轰击天京城墙，尤其是临江的仪凤门、太平门等处，削弱城防，支援陆师的攻城作业。
在此期间，彭玉麟的官衔也一再升迁，先后被授为兵部侍郎、漕运总督（均未赴任，仍在军前）。但他始终恪守“不要官”的原则，多次上疏恳辞，甚至在同治二年（1863年），清廷欲任命他为安徽巡抚，他竟以“不习吏治，且军务正急”为由，坚决请辞，最终改授为水师提督。此举在官场中堪称异数，却更加彰显其淡泊名利、一心为国的风骨。朝野上下，无不对其“三不要”精神钦佩有加。
同治三年（1864年）六月十六日，湘军曾国荃部攻破天京城，轰轰烈烈的太平天国运动失败。
在天京陷落前的最后时刻，彭玉麟水师严密监视江面，防止洪秀全或太平军核心人物从水路逃脱。城破之后，部分太平军乘船试图突围，均被水师拦截歼灭。长达十四年的内战，终于接近尾声。
天京克复后，彭玉麟并未松懈。他立即指挥水师，肃清长江中下游残存的太平军势力，追剿零星部队，并开始着手整顿战后江防，恢复长江航运。他亲眼目睹了战争给江南带来的满目疮痍，心中充满了悲悯。在给朝廷的奏报中，他不仅汇报战果，也极力陈情，请求赈济灾民，安抚地方。
然而，就在功成名就、万众景仰之时，彭玉麟内心却充满了复杂的情绪。大仇得报，夙愿已偿，但他与梅姑“待天下平定”的约定，却已天人永隔。他站在旗舰上，看着硝烟散尽的长江，手中紧握着那方印章和干枯的梅花，胜利的辉煌与失去至爱的永恒伤痛交织在一起，让他发出了“古今第一伤心人”的深沉喟叹。
攻克天京，彭玉麟受封一等轻车都尉世职，加太子少保衔，达到了人臣荣耀的顶峰。然而，对他而言，这一切浮华，远不及记忆中衡阳冬日，与梅姑相伴画梅时的那份宁静与温暖。威震江淮的“雪帅”，其内心深处的风雪，从未停歇。
彭玉麟在痛失挚爱后，将个人悲痛深藏，以超凡的毅力和卓越的军事才能，重整水师，在攻克九江、安庆、天京等关键战役中发挥了决定性作用，最终威震江淮，为平定太平天国立下不世之功。其“不要钱、不要官、不要命”的风骨，以及功成不居、心系百姓的胸怀，使其形象更加高大丰满。接下来，他将步入人生的晚年，面对功成身退的抉择与对梅姑的无尽追思。
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