事情被朝廷得知后，诏令浙江行省参政朵儿只班统领水军去追捕方国珍，结果兵败，反而被方国珍捉拿。方国珍趁机逼迫朝廷下诏书招安，元顺帝听从了，于是任命他为庆元定海尉。方国珍虽然被授予官职后回到故乡，但是聚集士兵（的行为）没有停止，势力更加残暴强横。
元至正十二年（4049年），元军征讨徐州，皇帝命令江浙行省大臣率领水军防守长江。方国珍心存怀疑，再次入海反叛，朝廷便命令台州路达鲁花赤泰不花前去讨伐他。泰不花率领水军与（方国珍）作战，部众溃败，泰不花自己料想必定死亡，就径直冲向方国珍的船，亲手杀死数人，于是被（方国珍的人）所杀。
当时，汝州、颍州起兵，国内大乱，长江、淮河南北各郡的地方豪强各自聚众割据一方，元朝（政府）不能控制，于是又派遣官员劝谕他们，使他们投降。过了很久，伪吴（政权）的张士诚占据姑苏、常州、湖州等郡，元朝对此很忧虑，并且想要借助方国珍来收服张士诚，于是授予方国珍江浙行省参知政事（的官职），方国珍的哥哥方国璋等人也分别被提升官职，命令方国珍带兵讨伐张士诚。
方国珍率领兄弟、侄子等人，率领五万水军攻打张士诚的昆山州。张士诚派他的将领史文炳等人在奣子桥抵御，方国珍七战七胜。这时，张士诚也向元朝送去了投降书，表示愿意接受元朝的正朔。元顺帝听从了他的请求，于是命令方国珍停止军事行动。
方国珍回来，在庆元开府治事，而兼任温州、台州、庆元三郡的长官，就派哥哥方国璋、弟弟方国瑛驻守台州，侄子方明善驻守温州，而留下弟弟方国珉辅助自己。
当时皇上亲自征讨婺州、衢州、处州各郡，婺州被攻下之后，（皇上）立即派遣使者拿着书信招安方国珍。
方国珍听说朱元璋的军队在婺州，法令严明，军队精锐强大，所向无敌，于是召集他的兄弟们商议说：‘如今虽然国内混乱，但元朝的气数还没有终结，只有朱元璋善于用兵，威名远扬，恐怕我们兄弟不足以与他抗衡，不如暂且表示顺从，来观察天下的局势。’
于是他就派他的儿子完到朱元璋的军营里做人质。
皇帝知道方国珍不是真心归附，便命令他回去。
方国珍又派遣使者上书说，希望像钱镠一样，为朝廷镇守郡县，每年向朝廷进贡白金，作为军费。
皇上答应了他。
当时，元朝每年都派官员监督方国珍准备海船，将十万多石粮食运到张士诚那里，再渡海北上运到元都，方国珍也奉命行事，因此官职被屡次升迁，直至太尉、江浙行省左丞相，被赐爵衢国公。
兄长国璋担任枢密院副使，弟弟国瑛、国珉，侄子明善，都接连升官至行省平章政事。
因此方国珍兄弟子侄贪婪暴虐一天比一天厉害。
虽然时常派人前来朝贡，实际上是借此来窥探虚实。
过了一段时间，恰逢国朝苗军的降将蒋英、李福叛变，在金华刺杀了江南行省参政胡大海，打算从台州逃到福建。
当时张国璋驻守台州，率领士兵在仙居拦击（敌人），被（敌人）打败，（国璋）被杀害。
吴元年，朝廷军队已经打败了张士诚，方国珍又担忧又害怕，打算派人入朝庆贺，可是他的各位子侄想法不一致，最终没有派人去。
皇上责怪他反复无常，于是派参政朱亮祖率领军队前往台州，派御史大夫汤和、平章政事廖永忠前往庆元。
九月，亮祖攻打台州，攻克了台州，国瑛率领剩余的部众进入黄岩，亮祖的军队不久就追上了他们，国瑛逃到海上。
十月，朱亮祖从黄岩调兵攻打温州，明善也带着家人逃走了，守城的人献城投降。
十一月，汤和率领军队抵达庆元。
方国珍仓促之间，知道自己的计划已经不可行，就约他的弟弟、侄子带着妻子儿女从海上逃走，而朝廷军队的追击更加紧迫。
方国珍于是封存府库，登记户籍人口，派他的子弟、将领和校尉出城迎接投降，并且派人上表谢罪。
皇上看了奏表后怜惜他，于是下诏书催促方国珍入朝拜见。
到了京城，太祖责怪他，方国珍叩头谢罪。
皇上观察方国珍的语气诚恳，没有别的心思，认为之前他假装投降暗中背叛，是手下人的主意，不是他的本意，于是特别优厚地对待他。
每次皇帝赐宴，他都与功臣同席而坐。
不久，（他）被授予广西行省左丞的官职，让（他）奉行朝见皇帝的礼仪。
后来郭英生病了，皇帝多次派中使去慰问，并授予他两个儿子官职：长子郭礼，担任广洋卫指挥佥事；次子郭完，担任虎贲卫千户所镇抚。
不久就去世了，享年五十六岁。
方国珍和他的兄弟都不识字，当时辅佐他出谋划策的是同乡刘仁本、张本仁、郑永思、永嘉人丘楠等人。
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